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xiaodaolai

银虫 (小有名气)

[求助] 重对接问题

我现在在做重对接，想问一个问题，重对接不是每个化合物可以设置产生10个构象吗，然后与ref比较，就会产生10个RMSD，那这时是要第一个的RMSD呢还是要10个中最小的一个RMSD值？谢谢回复啊！
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如果时光倒流，我们又能抓的住什么
1楼 2013-10-30 09:41:18
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monsoncupid

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-10-30 13:28:47
第一个构像一般就是你的对接程序给出的最佳构象吧，按理说这个构象应该最贴近天然底物的构象（reference）所以他的RMSD应该是最小的，但有时候不是，这个重对接其实对你的打分函数是一个评估吧，不知道你想问的是不是这个
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宅若久时天然呆，呆到深处自然萌
2楼2013-10-30 12:33:50
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xiaodaolai

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by monsoncupid at 2013-10-30 12:33:50
第一个构像一般就是你的对接程序给出的最佳构象吧，按理说这个构象应该最贴近天然底物的构象（reference）所以他的RMSD应该是最小的，但有时候不是，这个重对接其实对你的打分函数是一个评估吧，不知道你想问的是不 ...

我进行几种不同程序的重对接是为了确定该用哪种对接程序进行下面的工作。。。。理论上应该第一个RMSD最小，但实际上却不是，所以不知道该看第一个呢还是最小的一个RMSD值呢？
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如果时光倒流，我们又能抓的住什么
3楼2013-10-30 14:00:33
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monsoncupid

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
月只蓝: 金币+3, 感谢指导！ 2013-10-30 18:44:52
你是想通过重对接筛选对接程序是吧，然后每种对接产生10个RMSD，理论上来说应该是几种对接的第一个pose的RMSD值之间相互比较，但是有个另类的第一个值不是最小的，so。。。confused？
这个要具体问题具体分析啦：
1、看你这个最小值是不是因为巧合得到的，看你这十个值的渐变性还有离群情况啦，比如你有9个pose都是4-8，中间突然有一个值0.3，明显是个离群的数据啦，渐变性就是你这十个pose大体上应该是2.3、3.2、4.3、5.7……这个顺序啦，偶尔有偏差但是不会太离谱（自己掌握尺度- -！~）；
2、还有就是这个打分函数是不是适用这个体系，因为你的pose排名是由能量值排名得到的，有可能某个体系并非能量占主导地位，有可能是形状匹配或者其他匹配占主导地位，所以说你可以再做一个对打分函数本身的评估，就是用同一个对接函数做重对接，得到的RMSD值和打分给出来的排序进行比对，看哪个打分函数最好，详细情况可以去看教程
感觉如果不是很精细的对接没必要做这些啦- -！~
PS.如果有什么遗漏的欢迎补充
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宅若久时天然呆，呆到深处自然萌
4楼2013-10-30 15:37:45
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xiaodaolai

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by monsoncupid at 2013-10-30 15:37:45
你是想通过重对接筛选对接程序是吧，然后每种对接产生10个RMSD，理论上来说应该是几种对接的第一个pose的RMSD值之间相互比较，但是有个另类的第一个值不是最小的，so。。。confused？
这个要具体问题具体分析啦：
...

太给力了，谢谢啊！我还想请问一下，你说的用同一个对接函数做重对接，应该是使用同一个对接程序不同的打分函数对同一个蛋白质小分子复合物进行对接后RMSD值比较再看哪种对接函数最好是吧
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如果时光倒流，我们又能抓的住什么
5楼2013-10-30 15:59:38
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monsoncupid

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
月只蓝: 金币+1, 应助指数+1, 感谢指导！ 2013-10-30 20:14:25
同一种对接程序，不同的打分函数，得出不同的pose排序，然后与RMSD排序对比，一定会有某一个打分函数，和RMSD的对应程度最高，那么那个打分程序就是最适合这个体系的了
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宅若久时天然呆，呆到深处自然萌
6楼2013-10-30 20:06:43
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xiaodaolai

银虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by monsoncupid at 2013-10-30 20:06:43
同一种对接程序，不同的打分函数，得出不同的pose排序，然后与RMSD排序对比，一定会有某一个打分函数，和RMSD的对应程度最高，那么那个打分程序就是最适合这个体系的了

恩，明白了，3Q~你做过交叉对接吗，怎么解决各个蛋白质坐标不统一的问题啊？
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如果时光倒流，我们又能抓的住什么
7楼2013-10-30 20:37:53
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monsoncupid

金虫 (小有名气)
没做过呀，详细说说，怎么交叉对接？
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宅若久时天然呆，呆到深处自然萌
8楼2013-10-30 21:29:33
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