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tsf741014

新虫 (初入文坛)

[求助] 引物设计

找公司设计了引物,各设计了两个,对这块一点不懂,谁能帮看下特异性什么的,看能不能用?

Generic primers: PPAR γ
Orientation        Start        Len        Tm        GC%        Any
lFORWARD        642        21        58.79        42.86        3.00
REVERSE                       732        22        59.38        45.45        2.00
Primer Seq
TGCCAAGCATTTGTATGACTC       
TTTGTCTGTCGTCTTTCCTGTC               
Orientation        Start        Len        Tm        GC%        Any
FORWARD        242        20        58.38        55.00        3.00       
REVERSE                       345        19        59.98        52.63        2.00
Primer Seq
AGCCTCCTTCTCCTCCCTAT
CCCACACACACGACATTCA
Generic primers: SOD
Orientation        Start        Len        Tm        GC%        Any
FORWARD        271        20        60.25        55.00        3.00
REVERSE                        427        21        59.18        47.62        3.00       
Primer Seq
AAGGGAGGAGTGGCAGAAGT
GAGGTCCAGCATTTCCAGTTA
Orientation        Start        Len        Tm        GC%        Any
FORWARD        54        19        59.20        57.89        2.00
REVERSE                        171        20        59.39        45.00        3.00
Primer Seq
GGTCATCCACTTCCAGCAG
CCCATTTGTGTTGTCTCCAA
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xfyangsibs

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

A 针对特异性呢,还是要你去做个全基因组的BLAST,最好是与其他基因,尤其是3'端不匹配
B 我的原则一般是21 bp左右,AGCT分布比较均匀,3'末端非AT,GC含量50%左右。
AB都满足的话,一般没什么问题,你也可以对照上面的引物看一下。其实与你做什么没关系,引物都这些个原则,而且个人以为,软件那些花哨的东西没什么用。我们都不用软件,随便看看挑一段。但注意反向互补。如果基因本身比较复杂,实验结果不好就换一条就好了。
16楼2013-10-17 09:35:46
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查看全部 18 个回答

yang0071

木虫 (职业作家)

你的引物用于做什么的
2楼2013-10-12 15:27:00
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tsf741014

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by yang0071 at 2013-10-12 15:27:00
你的引物用于做什么的

荧光定量PCR,测mRNA表达
3楼2013-10-12 15:29:27
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yang0071

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2013-10-14 08:26:00
你针对的原始序列是什么
一般来说 是可以用的
你既然在公司做引物设计,索性荧光定量PCR也在公司做的了
4楼2013-10-12 15:39:06
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