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高手帮我看看这个错误!!!
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CIF文件中加入了氢键的内容后出现了以下A级错误，不知道是那里有问题，请高手帮忙呀，先谢谢啦！ The following ALERTS were generated. Each ALERT has the format test-name_ALERT_alert-type_alert-level. Click on the hyperlinks for more details of the test. ________________________________________ Alert level A PLAT707_ALERT_1_A D...A Calc 10.368(3), Rep 3.479(3), Dev.. 2296.33 Sigma C5 -N3 1.555 4.575 PLAT707_ALERT_1_A D...A Calc 11.437(3), Rep 3.523(3), Dev.. 2638.00 Sigma C9 -N4 1.555 4.565 PLAT726_ALERT_1_A H...A Calc 10.82000, Rep 2.57000 Dev... 8.25 Ang. H5 -N3 1.555 4.575 PLAT726_ALERT_1_A H...A Calc 11.69000, Rep 2.59000 Dev... 9.10 Ang. H9A -N4 1.555 4.565 PLAT728_ALERT_1_A D-H..A Calc 59.00, Rep 164.00 Dev... 105.00 Deg. C5 -H5 -N3 1.555 1.555 4.575 PLAT728_ALERT_1_A D-H..A Calc 72.00, Rep 164.00 Dev... 92.00 Deg. C9 -H9A -N4 1.555 1.555 4.565 |
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C5 H5 N3 0.9300 2.5700 3.479(3) 164.00 4_575 C9 H9A N4 0.9600 2.5900 3.523(3) 164.00 4_565 C9 H9B O2 0.9600 2.5400 3.114(3) 119.00 . 我注意到上面三行数据的问题。 在CIF的 Bond、Angle、H-Bond 等列表里面，数据后面的 “ 。。。” 相当重要，它们代表这一行中每个原子的当前对称操作状态。 在你的数据中 第一行应该是 “ 。。4_575 ” 第二行应该是 “ 。。4_565 " 第三行如果是分子内的那就是 “ 。。。” ，如果是分子间的那要与上面的表述方法相同才行。 |
9楼2007-12-03 08:29:28
2楼2007-12-01 21:27:40
3楼2007-12-02 12:53:06
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到CCDC主页 http://www.ccdc.cam.ac.uk/ 的免费服务里下载一个Mercury软件。 1. 安装Mercury软件，启用该软件，OPEN你的CIF 2. 在下方复选框里选中 H-BOND 3. 点击顶上菜单里的Display---More Information---Contacts List 查看你欲选的氢键情况。 4. 表中所列 Symm. op. 就是该原子的对称操作 5. 利用CIF文件里 _symmetry_equiv_pos_as_xyz 这一栏所列的对成操作关系，换算成你的氢键对成操作码 6. 把这个对称操作码填入你的CIF中应该所处的位置 7. 完成 |
4楼2007-12-02 13:11:56
