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yishuihan

金虫 (小有名气)

[交流] 高手帮我看看这个错误!!!

CIF文件中加入了氢键的内容后出现了以下A级错误,不知道是那里有问题,请高手帮忙呀,先谢谢啦!

The following ALERTS were generated. Each ALERT has the format
       test-name_ALERT_alert-type_alert-level.
Click on the hyperlinks for more details of the test.
________________________________________
Alert level A
PLAT707_ALERT_1_A D...A   Calc   10.368(3), Rep    3.479(3), Dev..    2296.33 Sigma
              C5   -N3      1.555   4.575                                      
PLAT707_ALERT_1_A D...A   Calc   11.437(3), Rep    3.523(3), Dev..    2638.00 Sigma
              C9   -N4      1.555   4.565                                      
PLAT726_ALERT_1_A H...A   Calc    10.82000, Rep     2.57000 Dev...       8.25 Ang.
              H5   -N3      1.555   4.575                                      
PLAT726_ALERT_1_A H...A   Calc    11.69000, Rep     2.59000 Dev...       9.10 Ang.
              H9A  -N4      1.555   4.565                                      
PLAT728_ALERT_1_A D-H..A  Calc       59.00, Rep      164.00 Dev...     105.00 Deg.
              C5   -H5   -N3      1.555   1.555   4.575                        
PLAT728_ALERT_1_A D-H..A  Calc       72.00, Rep      164.00 Dev...      92.00 Deg.
              C9   -H9A  -N4      1.555   1.555   4.565
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gujm516

金虫 (小有名气)

到CCDC主页
http://www.ccdc.cam.ac.uk/
的免费服务里下载一个Mercury软件。

1. 安装Mercury软件,启用该软件,OPEN你的CIF
2. 在下方复选框里选中 H-BOND
3. 点击顶上菜单里的Display---More Information---Contacts List
    查看你欲选的氢键情况。
4. 表中所列 Symm. op. 就是该原子的对称操作
5. 利用CIF文件里
     _symmetry_equiv_pos_as_xyz
    这一栏所列的对成操作关系,换算成你的氢键对成操作码
6. 把这个对称操作码填入你的CIF中应该所处的位置
7. 完成
4楼2007-12-02 13:11:56
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gujm516

金虫 (小有名气)

对称操作代码(4_565等,后面同)错了。

用Mercury软件查到氢键的正确对称操作代码,重新填写就好了。
2楼2007-12-01 21:27:40
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yishuihan

金虫 (小有名气)

非常感谢gujm516,我知道是对称代码错了,但是不会用你说的这个Mercury软件,怎么用用Mercury软件查到氢键的正确对称操作代码呢,可以解答我吗,谢谢!
3楼2007-12-02 12:53:06
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yishuihan

金虫 (小有名气)

非常感谢你的及时回答!!
表中所列 Symm. op. 就是该原子的对称操作

'x, y, z'

'-x, 1/2+y, 1/2-z'

'-x, -y, -z'

'x, 1/2-y, 1/2+z'
然后用这四个对称码去代替CIF文件中_symmetry_equiv_pos_as_xyz下面的对称码
是这样的吗?
5楼2007-12-02 14:06:40
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