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高手帮我看看这个错误!!!
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CIF文件中加入了氢键的内容后出现了以下A级错误，不知道是那里有问题，请高手帮忙呀，先谢谢啦！ The following ALERTS were generated. Each ALERT has the format test-name_ALERT_alert-type_alert-level. Click on the hyperlinks for more details of the test. ________________________________________ Alert level A PLAT707_ALERT_1_A D...A Calc 10.368(3), Rep 3.479(3), Dev.. 2296.33 Sigma C5 -N3 1.555 4.575 PLAT707_ALERT_1_A D...A Calc 11.437(3), Rep 3.523(3), Dev.. 2638.00 Sigma C9 -N4 1.555 4.565 PLAT726_ALERT_1_A H...A Calc 10.82000, Rep 2.57000 Dev... 8.25 Ang. H5 -N3 1.555 4.575 PLAT726_ALERT_1_A H...A Calc 11.69000, Rep 2.59000 Dev... 9.10 Ang. H9A -N4 1.555 4.565 PLAT728_ALERT_1_A D-H..A Calc 59.00, Rep 164.00 Dev... 105.00 Deg. C5 -H5 -N3 1.555 1.555 4.575 PLAT728_ALERT_1_A D-H..A Calc 72.00, Rep 164.00 Dev... 92.00 Deg. C9 -H9A -N4 1.555 1.555 4.565 |
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2楼2007-12-01 21:27:40
3楼2007-12-02 12:53:06
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到CCDC主页 http://www.ccdc.cam.ac.uk/ 的免费服务里下载一个Mercury软件。 1. 安装Mercury软件，启用该软件，OPEN你的CIF 2. 在下方复选框里选中 H-BOND 3. 点击顶上菜单里的Display---More Information---Contacts List 查看你欲选的氢键情况。 4. 表中所列 Symm. op. 就是该原子的对称操作 5. 利用CIF文件里 _symmetry_equiv_pos_as_xyz 这一栏所列的对成操作关系，换算成你的氢键对成操作码 6. 把这个对称操作码填入你的CIF中应该所处的位置 7. 完成 |
4楼2007-12-02 13:11:56
5楼2007-12-02 14:06:40
brilliant
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6楼2007-12-02 15:12:00
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1. 'x, y, z' 2. '-x, 1/2+y, 1/2-z' 3. '-x, -y, -z' 4. 'x, 1/2-y, 1/2+z' 这是该空间群的对称操作，即是CIF中对称代码如：1_555、2_565...... 下划杠前面的部分，表示你要用该空间群的第几号操作。 你要做的是把新找到的操作关系变换成操作代码，举例如下： a) 查到新关系为： -1+x, y, 1+z 对照空间群对称操作，发现是第一号操作在x方向减一，在z方向加一。 则相应代码写成为：1_456 b) 查到新关系为： x+2, -y-0.5, z+1.5 可看见是四号操作的 a+2, b-1, c+1 新代码写成： 4_746 以此类推，很快就熟悉了。依靠程序有时要出错的。 |
7楼2007-12-02 15:38:22
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非常感谢gujm516,对解析晶体我还是不大懂，你说的很详细，非常感谢! 解析的氢键如下： C5 H5 N3 0.9300 2.5700 3.479(3) 164.00 4_575 C9 H9A N4 0.9600 2.5900 3.523(3) 164.00 4_565 C9 H9B O2 0.9600 2.5400 3.114(3) 119.00 . 在CIF文件中加入了氢键后就有了我说的那些A级错误 CIF文件中_symmetry_equiv_pos_as_xyz代码如下： '-x, y+1/2, -z+1/2' '-x, -y, -z' 'x, -y-1/2, z-1/2' 软件Mercury软中Symm. op. 的信息是 'x, y, z' '-x, 1/2+y, 1/2-z' '-x, -y, -z' 'x, 1/2-y, 1/2+z' 请问最后是把CIF文件中那些改过来呢？ 谢谢！！ |
8楼2007-12-02 22:11:22
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C5 H5 N3 0.9300 2.5700 3.479(3) 164.00 4_575 C9 H9A N4 0.9600 2.5900 3.523(3) 164.00 4_565 C9 H9B O2 0.9600 2.5400 3.114(3) 119.00 . 我注意到上面三行数据的问题。 在CIF的 Bond、Angle、H-Bond 等列表里面，数据后面的 “ 。。。” 相当重要，它们代表这一行中每个原子的当前对称操作状态。 在你的数据中 第一行应该是 “ 。。4_575 ” 第二行应该是 “ 。。4_565 " 第三行如果是分子内的那就是 “ 。。。” ，如果是分子间的那要与上面的表述方法相同才行。 |
9楼2007-12-03 08:29:28
10楼2007-12-03 20:30:54
