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高手帮我看看这个错误!!!
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CIF文件中加入了氢键的内容后出现了以下A级错误，不知道是那里有问题，请高手帮忙呀，先谢谢啦！ The following ALERTS were generated. Each ALERT has the format test-name_ALERT_alert-type_alert-level. Click on the hyperlinks for more details of the test. ________________________________________ Alert level A PLAT707_ALERT_1_A D...A Calc 10.368(3), Rep 3.479(3), Dev.. 2296.33 Sigma C5 -N3 1.555 4.575 PLAT707_ALERT_1_A D...A Calc 11.437(3), Rep 3.523(3), Dev.. 2638.00 Sigma C9 -N4 1.555 4.565 PLAT726_ALERT_1_A H...A Calc 10.82000, Rep 2.57000 Dev... 8.25 Ang. H5 -N3 1.555 4.575 PLAT726_ALERT_1_A H...A Calc 11.69000, Rep 2.59000 Dev... 9.10 Ang. H9A -N4 1.555 4.565 PLAT728_ALERT_1_A D-H..A Calc 59.00, Rep 164.00 Dev... 105.00 Deg. C5 -H5 -N3 1.555 1.555 4.575 PLAT728_ALERT_1_A D-H..A Calc 72.00, Rep 164.00 Dev... 92.00 Deg. C9 -H9A -N4 1.555 1.555 4.565 |
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请注意下面数据的正确表述方法： C9 H9A N4 0.9600 2.5900 3.523(3) 164.00 . . . 在164.00后面的三个点 “ 。。。” a) 第一个“。”是C9的对称代码，C9目前的对称关系是1_555，简写成 “ 。” b) 第二个“。”是H9A的对称代码，由于它是C9上的H，因此H9A当前的对称关系也应该是 1_555，同样简写成 “。” c) 第三个“。”是N4的对称代码，只有通过对相邻分子使用该空间群中第四号等价操作且还要在y方向加 1，才能使N4到达合理的氢键位置，因此N4的对称操作为4_565 （X不变，Y+1，Z不变） 对于分子内氢键，因为大家都处在同一分子套内，换言之大家的对称关系都是1_555，所以在119.00后面的对称操作都简写成 “。。。” 所以这一行应该是 C9 H9B O2 0.9600 2.5400 3.114(3) 119.00 . . . |
13楼2007-12-03 21:52:17
2楼2007-12-01 21:27:40
3楼2007-12-02 12:53:06
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到CCDC主页 http://www.ccdc.cam.ac.uk/ 的免费服务里下载一个Mercury软件。 1. 安装Mercury软件，启用该软件，OPEN你的CIF 2. 在下方复选框里选中 H-BOND 3. 点击顶上菜单里的Display---More Information---Contacts List 查看你欲选的氢键情况。 4. 表中所列 Symm. op. 就是该原子的对称操作 5. 利用CIF文件里 _symmetry_equiv_pos_as_xyz 这一栏所列的对成操作关系，换算成你的氢键对成操作码 6. 把这个对称操作码填入你的CIF中应该所处的位置 7. 完成 |
4楼2007-12-02 13:11:56