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小仆人

新虫 (初入文坛)

[求助] 在charmm27立场文件里面，找不到需要的力场参数 怎么办？

最近在模拟 UREA  在charmm27的力场里面，但是找不到 N-C-N 的参数， 怎么办？？着急啊！！
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Jesus shall take the highest honor
1楼 2013-10-08 12:00:58
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s6120610021

铜虫 (小有名气)
您好，我最近刚开始看gromacs，感觉很糊涂，不知如何下手，在小木虫上看到您对这个方向比较了解，想请教一下。
1、我看的网上教程，做模拟不是要先获得pdb,然后获得top文件，我的模型和溶剂找不到，要不要自己画？怎么弄？
2、我模拟一种分子在溶剂中的STCFs（停留时间函数） 和 MSDs（均方位移）我应该从手册哪方面看起。
最后谢谢您的指导！
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5楼2013-12-17 21:52:38
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小仆人: 金币+5, ★★★很有帮助, 太感谢了，虽然还不知道怎么安装36， 谢谢！很有用！ 2013-10-08 23:28:01
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2013-12-18 08:47:57
把你的分子提交到这里试试https://www.paramchem.org/

另外，现在有CHARMM36了，为什么要用CHARMM27呢？
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3楼2013-10-08 14:28:38
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-12-18 08:48:07
http://mackerell.umaryland.edu/CHARMM_ff_params.html
最新的CHARMM力场在这里下
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4楼2013-10-09 14:50:27
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小仆人

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by s6120610021 at 2013-12-17 21:52:38
您好，我最近刚开始看gromacs，感觉很糊涂，不知如何下手，在小木虫上看到您对这个方向比较了解，想请教一下。
1、我看的网上教程，做模拟不是要先获得pdb,然后获得top文件，我的模型和溶剂找不到，要不要自己画？ ...

您好：
溶剂的gro文件一般是用其他的文件生成的，或者是别人提供的。。。。

top文件一般需要动手做，我也是刚刚入行，多交流：）
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Jesus shall take the highest honor
6楼2014-01-07 14:38:16
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