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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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小仆人

新虫 (初入文坛)

[求助] 在charmm27立场文件里面,找不到需要的力场参数 怎么办?

最近在模拟 UREA  在charmm27的力场里面,但是找不到 N-C-N 的参数, 怎么办??着急啊!!
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Jesus shall take the highest honor
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小仆人: 金币+5, ★★★很有帮助, 太感谢了,虽然还不知道怎么安装36, 谢谢!很有用! 2013-10-08 23:28:01
月只蓝: 金币+1, 感谢指导! 2013-12-18 08:47:57
把你的分子提交到这里试试https://www.paramchem.org/

另外,现在有CHARMM36了,为什么要用CHARMM27呢?
3楼2013-10-08 14:28:38
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2013-12-18 08:48:07
http://mackerell.umaryland.edu/CHARMM_ff_params.html
最新的CHARMM力场在这里下
4楼2013-10-09 14:50:27
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s6120610021

铜虫 (小有名气)

您好,我最近刚开始看gromacs,感觉很糊涂,不知如何下手,在小木虫上看到您对这个方向比较了解,想请教一下。
1、我看的网上教程,做模拟不是要先获得pdb,然后获得top文件,我的模型和溶剂找不到,要不要自己画?怎么弄?
2、我模拟一种分子在溶剂中的STCFs(停留时间函数) 和 MSDs(均方位移)我应该从手册哪方面看起。
最后谢谢您的指导!
5楼2013-12-17 21:52:38
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小仆人

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by s6120610021 at 2013-12-17 21:52:38
您好,我最近刚开始看gromacs,感觉很糊涂,不知如何下手,在小木虫上看到您对这个方向比较了解,想请教一下。
1、我看的网上教程,做模拟不是要先获得pdb,然后获得top文件,我的模型和溶剂找不到,要不要自己画? ...

您好:
溶剂的gro文件一般是用其他的文件生成的,或者是别人提供的。。。。

top文件一般需要动手做,我也是刚刚入行,多交流:)
Jesus shall take the highest honor
6楼2014-01-07 14:38:16
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