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依儿咏迥

新虫 (初入文坛)

[求助] 微生物代谢组在LC-MS上信号很少,不知道为什么。

做微生物的代谢组学,采用甲醇:水(70:30)于负20度的条件下提取代谢组,并辅助以负80度30分钟,冰上4分钟,混匀,这样的三个循环促进细胞破裂。离心得到上清液后在真空浓缩里旋干,样品重构于水中,进样LC-MS,扫描范围50-1000,但没有什么信号,代谢组不是应该得到的谱图有很多峰的么?是不是旋干的过程这些小分子都挥发了呢,求解释啊。
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依儿咏迥

新虫 (初入文坛)

送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by agilent at 2013-10-10 10:07:22
我不做微生物的,随便聊聊,不一定准确:
1、看下你的流动相梯度,是不是初始流动相太强,导致峰全在死时间出来了;
2、细胞破碎和酶的去活当然是在低温下操作,但是代谢物提取是不是可以温度稍高一点(如0度), ...

嗯,很有道理。
5楼2013-10-10 19:19:56
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agilent

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
suruiqin: 金币+2, 辛苦了,感谢交流,欢迎常来~ 2013-10-09 09:43:58
依儿咏迥: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-10-09 11:04:12
首先,旋干的过程这些小分子应该不会挥发,可能以下因素会影响你的实验结果:
1、你的分析方法设置不合适,色谱柱、流动相梯度,质谱条件等;
2、提取条件可能不合适:
1)你用甲醇:水(70:30)提取,最后却是用水复溶,这个极性相差有点太大;
2)提取温度:负20度条件下,提取代谢物,溶解性应该不好
2楼2013-10-08 17:09:41
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依儿咏迥

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by agilent at 2013-10-08 17:09:41
首先,旋干的过程这些小分子应该不会挥发,可能以下因素会影响你的实验结果:
1、你的分析方法设置不合适,色谱柱、流动相梯度,质谱条件等;
2、提取条件可能不合适:
1)你用甲醇:水(70:30)提取,最后却是用 ...

谢谢啊。分析方法影响应该不大吧,直接进样(无除盐)于C18,样品应该都上柱了,LTQ-Orbitrap分析。我看很多protocol上代谢物提取整个过程都处于极低的温度之下,那是不是可以采用提取试剂复溶提取物呢?
3楼2013-10-09 11:13:32
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agilent

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
依儿咏迥: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-10-10 19:09:29
引用回帖:
3楼: Originally posted by 依儿咏迥 at 2013-10-09 11:13:32
谢谢啊。分析方法影响应该不大吧,直接进样(无除盐)于C18,样品应该都上柱了,LTQ-Orbitrap分析。我看很多protocol上代谢物提取整个过程都处于极低的温度之下,那是不是可以采用提取试剂复溶提取物呢?...

我不做微生物的,随便聊聊,不一定准确:
1、看下你的流动相梯度,是不是初始流动相太强,导致峰全在死时间出来了;
2、细胞破碎和酶的去活当然是在低温下操作,但是代谢物提取是不是可以温度稍高一点(如0度),水相比例高一点?
3、甲醇:水(70:30)提取溶剂对强极性的代谢物溶解性应该不是很好
4、细胞个数太少,复溶体积太大,进样体积太小,这些因素可能都会导致你最终什么峰。建议微生物用量加大点先试试。
5、试试其他细胞破碎的代谢物提取方法:如研磨、超声破碎等。

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4楼2013-10-10 10:07:22
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