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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 化学化工区 » 分析 » 数据分析 » 代谢组学GC/MS数据预处理
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雨后花瓣L

银虫 (小有名气)

[求助] 代谢组学GC/MS数据预处理

我是用安捷伦7890GC/MS做代谢分析，做统计分析需要将数据处理成（变量×样本）的矩阵，直接将数据导成excel格式后，变量峰很多（几千个），而且不同样本的出峰不能对齐。。。求高手们推荐解决办法
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初心不改，方能始终
1楼 2013-05-27 16:39:22
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

yqx1985

木虫 (著名写手)

云中仙

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by 雨后花瓣L at 2013-08-21 10:21:55
只看到用XCMS处理LC-MS数据的，是不是不能处理GCMS数据哦。。。而且我的数据格式是.SMS导入不进去啊，怎么办...

数据格式是SMS啊，那你先看看能不能用第三方软件把你的数据格式转换为XCMS可识别的格式，比如一些标准格式mzXML等；如果没法转化的话，你就把数据导成csv格式，然后用COW算法，把你的峰对齐，这样就能生成长度一样的矩阵了
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人面不知何时去，桃花依旧笑春风
8楼2013-08-26 16:01:06
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笑盲虫

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
用matlab处理吧   
或者用spss也可以
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用文字走路，用行动分析
2楼2013-05-27 17:19:49
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雨后花瓣L

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 笑盲虫 at 2013-05-27 17:19:49
用matlab处理吧   
或者用spss也可以

现在是想要，把多个样本的总离子流色谱图的出峰时间对齐，组成一个矩阵，，，用matlab怎么做啊，要不要自己写程序呢
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初心不改，方能始终
3楼2013-05-28 21:25:15
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笑盲虫

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

是的  matlab需要自己写程序的  不过你在网上搜一下，应当能搜到相应的源代码
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用文字走路，用行动分析
4楼2013-05-29 08:28:44
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yqx1985

木虫 (著名写手)

云中仙

【答案】应助回帖

用XCMS嘛
不行，我帮你
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人面不知何时去，桃花依旧笑春风
5楼2013-06-14 15:14:13
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sean男孩

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

可以考虑XCMS或METALIGH
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6楼2013-08-15 11:54:20
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雨后花瓣L

银虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by yqx1985 at 2013-06-14 15:14:13
用XCMS嘛
不行，我帮你

只看到用XCMS处理LC-MS数据的，是不是不能处理GCMS数据哦。。。而且我的数据格式是.SMS导入不进去啊，怎么办
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初心不改，方能始终
7楼2013-08-21 10:21:55
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雨后花瓣L

银虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by yqx1985 at 2013-08-26 16:01:06
数据格式是SMS啊，那你先看看能不能用第三方软件把你的数据格式转换为XCMS可识别的格式，比如一些标准格式mzXML等；如果没法转化的话，你就把数据导成csv格式，然后用COW算法，把你的峰对齐，这样就能生成长度一样 ...

matlab里面没有看到COW算法呀
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初心不改，方能始终
9楼2013-08-27 11:24:48
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yqx1985

木虫 (著名写手)

云中仙

【答案】应助回帖

引用回帖:
9楼: Originally posted by 雨后花瓣L at 2013-08-27 11:24:48
matlab里面没有看到COW算法呀...

内事不决问百度，外事不决问谷歌啊。
下面的连接就是COW和DTW算法
http://www.models.life.ku.dk/dtw_cow
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人面不知何时去，桃花依旧笑春风
10楼2013-08-27 13:20:39
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