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雨后花瓣L

银虫 (小有名气)

[求助] 代谢组学GC/MS数据预处理

我是用安捷伦7890GC/MS做代谢分析,做统计分析需要将数据处理成(变量×样本)的矩阵,直接将数据导成excel格式后,变量峰很多(几千个),而且不同样本的出峰不能对齐。。。求高手们推荐解决办法
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初心不改,方能始终
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yqx1985

木虫 (著名写手)

云中仙

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by 雨后花瓣L at 2013-08-21 10:21:55
只看到用XCMS处理LC-MS数据的,是不是不能处理GCMS数据哦。。。而且我的数据格式是.SMS导入不进去啊,怎么办...

数据格式是SMS啊,那你先看看能不能用第三方软件把你的数据格式转换为XCMS可识别的格式,比如一些标准格式mzXML等;如果没法转化的话,你就把数据导成csv格式,然后用COW算法,把你的峰对齐,这样就能生成长度一样的矩阵了
人面不知何时去,桃花依旧笑春风
8楼2013-08-26 16:01:06
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笑盲虫

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
用matlab处理吧   
或者用spss也可以
用文字走路,用行动分析
2楼2013-05-27 17:19:49
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雨后花瓣L

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 笑盲虫 at 2013-05-27 17:19:49
用matlab处理吧   
或者用spss也可以

现在是想要,把多个样本的总离子流色谱图的出峰时间对齐,组成一个矩阵,,,用matlab怎么做啊,要不要自己写程序呢
初心不改,方能始终
3楼2013-05-28 21:25:15
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笑盲虫

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

是的  matlab需要自己写程序的  不过你在网上搜一下,应当能搜到相应的源代码
用文字走路,用行动分析
4楼2013-05-29 08:28:44
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yqx1985

木虫 (著名写手)

云中仙

【答案】应助回帖

用XCMS嘛
不行,我帮你
人面不知何时去,桃花依旧笑春风
5楼2013-06-14 15:14:13
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sean男孩

新虫 (初入文坛)


【答案】应助回帖

可以考虑XCMS或METALIGH
6楼2013-08-15 11:54:20
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雨后花瓣L

银虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by yqx1985 at 2013-06-14 15:14:13
用XCMS嘛
不行,我帮你

只看到用XCMS处理LC-MS数据的,是不是不能处理GCMS数据哦。。。而且我的数据格式是.SMS导入不进去啊,怎么办
初心不改,方能始终
7楼2013-08-21 10:21:55
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雨后花瓣L

银虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by yqx1985 at 2013-08-26 16:01:06
数据格式是SMS啊,那你先看看能不能用第三方软件把你的数据格式转换为XCMS可识别的格式,比如一些标准格式mzXML等;如果没法转化的话,你就把数据导成csv格式,然后用COW算法,把你的峰对齐,这样就能生成长度一样 ...

matlab里面没有看到COW算法呀
初心不改,方能始终
9楼2013-08-27 11:24:48
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yqx1985

木虫 (著名写手)

云中仙

【答案】应助回帖

引用回帖:
9楼: Originally posted by 雨后花瓣L at 2013-08-27 11:24:48
matlab里面没有看到COW算法呀...

内事不决问百度,外事不决问谷歌啊。
下面的连接就是COW和DTW算法
http://www.models.life.ku.dk/dtw_cow
人面不知何时去,桃花依旧笑春风
10楼2013-08-27 13:20:39
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