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annsp

金虫 (正式写手)

[交流] 请问“In silico aided metabolic engineering”是什么技术 已有2人参与

请问“In silico aided metabolic engineering”是什么技术,能不能讲下大概的实验流程?
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gubai

铜虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
就是基于计算机辅助的代谢工程,所需要的是代谢工程改造宿主的全基因组规模代谢网络模型(genome scale metabolic model, GSMM),通常大家代谢工程所用的宿主是大肠杆菌和酿酒酵母,这两种生物的GSMMs已经构建的十分完整,可以直接在别人发表的模型基础上做略微的修改然后使用。如果你改造的生物没有发表的GSMM,那么需要你自己在基因组序列基础上构建其GSMM。得到GSMM后利用很多种软件,常用的算法有optknock,optflux,optstain等等很多,可以设计代谢工程操作的靶点,预测代谢工程改造后宿主的一些变化。这种技术首先由韩国的Lee SY提出,现在在大肠杆菌的代谢工程中有较多的成功事例,也发在较高水平的杂志。同时这种技术也可用于合成生物学中,在人工设计完细胞途径后,可以先用所设计细胞的GSMM模拟其代谢性能,以便提高改造的方向性和效率!
3楼2013-10-01 08:44:46
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1989青苹果

铁杆木虫 (职业作家)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
是一种类似计算机模拟软件的技术,就像全基因组测序完成后,通过软件预测一些基因的功能类似!
仰望天空。
2楼2013-09-30 20:42:46
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