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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 真菌菌核RNA提取过程中的问题，求高手帮助
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yini4632

铁虫 (初入文坛)

[交流] 真菌菌核RNA提取过程中的问题，求高手帮助 已有5人参与

菌核里有大量的黑色素，用的trizol法提取的，氯仿抽提后的上清不是无色透明的，是褐色的，最后提取的RNA中总有褐色不容物质，depc水溶解，而且260/230在0.7左右，是不是表明有有机杂质，色素类都是一些酚类物质，怀疑是这些色素无法去除，请教高手如何除去这些杂质。单纯提取菌丝的RNA就很好，菌核就不行了。
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1楼 2013-09-24 21:27:44
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Fleaves

至尊木虫 (著名写手)
★
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有色素影响什么？260/230也不是表明有有机杂质
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2楼2013-09-25 18:17:07
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yini4632

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by Fleaves at 2013-09-25 18:17:07
有色素影响什么？260/230也不是表明有有机杂质

有人说上清褐色是由于多酚氧化形成的，会严重影响RNA提取，而且总觉得最后的粗体RNA中有机杂质多了，影响DNA酶的活性，我同时提取的菌核和菌丝的RNA，总是菌核的DNA即使用DNA酶处理也除不掉，但是菌丝里的DNA就除的很干净，RNA电泳和后期通过设计的内含子两侧引物扩增cDNA都显示没有明显的DNA。用于转录组测序的，RNA质量要求比较严格
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3楼2013-09-26 15:05:38
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yini4632

铁虫 (初入文坛)
自己顶
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4楼2013-10-08 16:08:46
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ndsc

铁虫 (初入文坛)
★
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劝你小心一点，黑曲霉致癌的哦。。。如果只是做检测的话，可以扩增出结果就好，不用在意小结，要结果。
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5楼2013-10-08 17:37:04
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huayueyang

新虫 (小有名气)
★
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买个商品化的专门针对真菌RNA提取试剂盒是最好的。
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坚持！
6楼2013-10-16 22:48:07
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yini4632

铁虫 (初入文坛)
尝试用PVP和巯基乙醇加入到trizol中很好的提取到了RNA（反转录CDNA扩增结果比较好，没有DNA），但是就是RNA电泳只看见一些5.8s条带，点样孔很亮，怀疑是PVP加入太多，堵塞点样孔（用了没加PVP的提取，有DNA污染，但是点样孔正常）
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7楼2013-10-31 18:44:04
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渊博震天

版主 (职业作家)

Yeast Display

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我也遇到了加入氯仿最上层也是黑色的

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8楼2017-03-04 22:44:09
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天天ai学习

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 渊博震天 at 2017-03-04 22:44:09
我也遇到了加入氯仿最上层也是黑色的

加pvp

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9楼2017-03-06 00:39:23
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渊博震天

版主 (职业作家)

Yeast Display

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10楼2017-03-06 07:05:12
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