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yini4632

铁虫 (初入文坛)

[交流] 真菌菌核RNA提取过程中的问题,求高手帮助 已有5人参与

菌核里有大量的黑色素,用的trizol法提取的,氯仿抽提后的上清不是无色透明的,是褐色的,最后提取的RNA中总有褐色不容物质,depc水溶解,而且260/230在0.7左右,是不是表明有有机杂质,色素类都是一些酚类物质,怀疑是这些色素无法去除,请教高手如何除去这些杂质。单纯提取菌丝的RNA就很好,菌核就不行了。
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yini4632

铁虫 (初入文坛)

尝试用PVP和巯基乙醇加入到trizol中很好的提取到了RNA(反转录CDNA扩增结果比较好,没有DNA),但是就是RNA电泳只看见一些5.8s条带,点样孔很亮,怀疑是PVP加入太多,堵塞点样孔(用了没加PVP的提取,有DNA污染,但是点样孔正常)
7楼2013-10-31 18:44:04
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Fleaves

至尊木虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
有色素影响什么?260/230也不是表明有有机杂质
2楼2013-09-25 18:17:07
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yini4632

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by Fleaves at 2013-09-25 18:17:07
有色素影响什么?260/230也不是表明有有机杂质

有人说上清褐色是由于多酚氧化形成的,会严重影响RNA提取,而且总觉得最后的粗体RNA中有机杂质多了,影响DNA酶的活性,我同时提取的菌核和菌丝的RNA,总是菌核的DNA即使用DNA酶处理也除不掉,但是菌丝里的DNA就除的很干净,RNA电泳和后期通过设计的内含子两侧引物扩增cDNA都显示没有明显的DNA。用于转录组测序的,RNA质量要求比较严格
3楼2013-09-26 15:05:38
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ndsc

铁虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
劝你小心一点,黑曲霉致癌的哦。。。如果只是做检测的话,可以扩增出结果就好,不用在意小结,要结果。
5楼2013-10-08 17:37:04
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