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高斯拉格朗日

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[求助] 大家知不知道Vesta能不能呢手动连接两个原子之间的键啊？

感觉Vesta改变键长画图可不听话了，稍微小一点键就没了，稍微大一点又连得都是键，我想自己手动连接键，行不行啊？

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用vesta算原子间距离准确吗？已经有9人回复

1楼 2013-09-22 10:55:28

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jpchou

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可以.....可以的
只是有得必有失
vesta 非常?姶髜可支援許多不同格式的檔案
其中一個叫 pdb (Protein Data Bank)
如果你能處理你的檔案變成 .pdb format
那就可以達成你的願望
下面我列出一個非常簡單的隨意的 pdb example 內容

COMPND test
COMPND 1Created by VESTA
HETATM 1 N1                0.944 0.961 0.944  1.00  1.00          N
HETATM 2 N2                0.944  -0.944  -0.961  1.00  1.00          N
HETATM 3 N3                -0.961  -0.944 0.944  1.00  1.00          N
HETATM 4 C1                -0.965 0.965  -0.965  1.00  1.00          C
END

這樣的結構 "有可能" 會造成 3D visualization 軟體無法產生 "鍵"
此時只要小修改~ 如下

COMPND test
COMPND 1Created by VESTA
HETATM 1 N1                0.944 0.961 0.944  1.00  1.00          N
HETATM 2 N2                0.944  -0.944  -0.961  1.00  1.00          N
HETATM 3 N3                -0.961  -0.944 0.944  1.00  1.00          N
HETATM 4 C1                -0.965 0.965  -0.965  1.00  1.00          C
CONECT 1 2
CONECT 2 4
END

如此一?韣 1, 2 原子就會?娖扔墟I~ 2,4 原子?娖扔墟I
(  CONECT .. 我沒有拼錯~ 它就是這樣叫...不要打成 CONNECT 喔)

但~如同我一開頭講的
有得必有失
.pdb 檔案主要是處理分子系統
所以它不會有"週期性"
也就是你的 unit cell 那個 box 就會消失掉

我相信一定還有其它變通方式......暫時想不到