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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » 其他 » 大家知不知道Vesta能不能呢手动连接两个原子之间的键啊？
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高斯拉格朗日

金虫 (小有名气)

[求助] 大家知不知道Vesta能不能呢手动连接两个原子之间的键啊？

感觉Vesta改变键长画图可不听话了，稍微小一点键就没了，稍微大一点又连得都是键，我想自己手动连接键，行不行啊？
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1楼 2013-09-22 10:55:28
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emilyoyang

木虫 (正式写手)
★ ★
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流 2013-09-23 20:44:41
不行~~~
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2楼2013-09-22 11:30:07
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小月三口

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流 2013-09-23 20:44:47
不行，可以按键长长度设置，在Edit的bonds里可以设置不同原子间键长
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3楼2013-09-22 18:36:49
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armaity

银虫 (小有名气)
★ ★
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流 2013-09-23 20:44:56
好像不行哦~ 只有先连上再删你不要的吧
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4楼2013-09-23 09:22:16
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dxcharlary

专家顾问 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流 2013-09-23 20:45:07
高斯拉格朗日: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-10-07 12:05:13
不能，不过看好你要的数值，然后选的范围小点就好了。
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5楼2013-09-23 11:24:46
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HCH_Deven

铁杆木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
要在背景图中增加某根特定的键，可以先通过设置bond让其连接，导出图像，然后通过对此图PS截取，放置于背景图相应的部分。GOOD LUCK
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脚踏实地，稳中求进
6楼2013-09-24 11:02:31
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mhymucong

新虫 (初入文坛)
先按照bond里面设好键长，如果出来很多键，你就直接删掉就好了，可以删除任意原子和化学键，很方便的
不过旧的版本不知道在哪删除，新的版本是直接有工具条，不行就官网上下个最新的版本，我就这样弄的
官网http://jp-minerals.org/vesta/en/download.html
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7楼2014-01-07 15:56:28
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jpchou

专家顾问 (著名写手)
可以.....可以的
只是有得必有失
vesta 非常?姶髜可支援許多不同格式的檔案
其中一個叫 pdb (Protein Data Bank)
如果你能處理你的檔案變成 .pdb format
那就可以達成你的願望
下面我列出一個非常簡單的隨意的 pdb example 內容

COMPND    test
COMPND   1Created by VESTA
HETATM    1 N1                   0.944   0.961   0.944  1.00  1.00           N
HETATM    2 N2                   0.944  -0.944  -0.961  1.00  1.00           N
HETATM    3 N3                  -0.961  -0.944   0.944  1.00  1.00           N
HETATM    4 C1                  -0.965   0.965  -0.965  1.00  1.00           C
END

這樣的結構 "有可能" 會造成 3D visualization 軟體無法產生 "鍵"
此時只要小修改~ 如下

COMPND    test
COMPND   1Created by VESTA
HETATM    1 N1                   0.944   0.961   0.944  1.00  1.00           N
HETATM    2 N2                   0.944  -0.944  -0.961  1.00  1.00           N
HETATM    3 N3                  -0.961  -0.944   0.944  1.00  1.00           N
HETATM    4 C1                  -0.965   0.965  -0.965  1.00  1.00           C
CONECT    1    2
CONECT    2    4
END

如此一?韣 1, 2 原子就會?娖扔墟I~ 2,4 原子?娖扔墟I
(  CONECT .. 我沒有拼錯~ 它就是這樣叫...不要打成 CONNECT 喔)

但~如同我一開頭講的
有得必有失
.pdb 檔案主要是處理分子系統
所以它不會有"週期性"
也就是你的 unit cell 那個 box 就會消失掉


我相信一定還有其它變通方式......暫時想不到
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8楼2014-01-07 16:48:26
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Physicser

木虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by jpchou at 2014-01-07 16:48:26
可以.....可以的
只是有得必有失
vesta 非常?姶髜可支援許多不同格式的檔案
其中一個叫 pdb (Protein Data Bank)
如果你能處理你的檔案變成 .pdb format
那就可以達成你的願望
下面我列出一個非常簡單的隨意的 ...

台湾同仁真心很厉害啊！
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9楼2014-01-07 22:03:27
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trf

新虫 (小有名气)
楼主你好，如何知道哪些原子之间存在bond，哪些bond多余应该删除？还是说晶体结构内的化学键没有那么重要？只要整个结构美观，没有多余的化学键形成就行？

发自小木虫Android客户端
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10楼2019-03-20 20:14:03
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