| 查看: 6811 | 回复: 9 | |||
高斯拉格朗日金虫 (小有名气)
|
[求助]
大家知不知道Vesta能不能呢手动连接两个原子之间的键啊？
|
| 感觉Vesta改变键长画图可不听话了，稍微小一点键就没了，稍微大一点又连得都是键，我想自己手动连接键，行不行啊？ |
回复此楼» 猜你喜欢
281求调剂（0805）
已经有8人回复
-
环境领域全国重点实验室招收博士1-2名
已经有3人回复
-
材料专硕306英一数二
已经有10人回复
-
301求调剂
已经有6人回复
-
一志愿天津大学化学工艺专业（081702）315分求调剂
已经有7人回复
-
302求调剂
已经有6人回复
-
26博士申请
已经有3人回复
-
268求调剂
已经有3人回复
-
311求调剂
已经有10人回复
-
被我言中：新模板不强调格式了，假专家开始管格式了
已经有4人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 用vesta算原子间距离准确吗？
已经有9人回复
emilyoyang
木虫 (正式写手)
- 应助: 232 (大学生)
- 金币: 4340.4
- 红花: 42
- 帖子: 667
- 在线: 189.9小时
- 虫号: 1630291
- 注册: 2012-02-20
- 性别: MM
- 专业: 理论和计算化学
2楼2013-09-22 11:30:07
3楼2013-09-22 18:36:49
armaity
银虫 (小有名气)
- 应助: 10 (幼儿园)
- 金币: 164.2
- 散金: 94
- 帖子: 69
- 在线: 43.6小时
- 虫号: 1335094
- 注册: 2011-07-01
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
4楼2013-09-23 09:22:16
dxcharlary
专家顾问 (职业作家)
-
专家经验: +83 - 1ST强帖: 2
- 应助: 251 (大学生)
- 金币: 10418.6
- 散金: 155
- 红花: 65
- 帖子: 3137
- 在线: 757.4小时
- 虫号: 936718
- 注册: 2010-01-04
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
- 管辖: 第一性原理
5楼2013-09-23 11:24:46
6楼2013-09-24 11:02:31
7楼2014-01-07 15:56:28
|
可以.....可以的 只是有得必有失 vesta 非常?姶髜可支援許多不同格式的檔案 其中一個叫 pdb (Protein Data Bank) 如果你能處理你的檔案變成 .pdb format 那就可以達成你的願望 下面我列出一個非常簡單的隨意的 pdb example 內容 COMPND test COMPND 1Created by VESTA HETATM 1 N1 0.944 0.961 0.944 1.00 1.00 N HETATM 2 N2 0.944 -0.944 -0.961 1.00 1.00 N HETATM 3 N3 -0.961 -0.944 0.944 1.00 1.00 N HETATM 4 C1 -0.965 0.965 -0.965 1.00 1.00 C END 這樣的結構 "有可能" 會造成 3D visualization 軟體無法產生 "鍵" 此時只要小修改~ 如下 COMPND test COMPND 1Created by VESTA HETATM 1 N1 0.944 0.961 0.944 1.00 1.00 N HETATM 2 N2 0.944 -0.944 -0.961 1.00 1.00 N HETATM 3 N3 -0.961 -0.944 0.944 1.00 1.00 N HETATM 4 C1 -0.965 0.965 -0.965 1.00 1.00 C CONECT 1 2 CONECT 2 4 END 如此一?韣 1, 2 原子就會?娖扔墟I~ 2,4 原子?娖扔墟I ( CONECT .. 我沒有拼錯~ 它就是這樣叫...不要打成 CONNECT 喔) 但~如同我一開頭講的 有得必有失 .pdb 檔案主要是處理分子系統 所以它不會有"週期性" 也就是你的 unit cell 那個 box 就會消失掉 我相信一定還有其它變通方式......暫時想不到 |
8楼2014-01-07 16:48:26
Physicser
木虫 (小有名气)
- 应助: 35 (小学生)
- 金币: 2816.1
- 散金: 80
- 红花: 7
- 帖子: 207
- 在线: 264.1小时
- 虫号: 2465590
- 注册: 2013-05-15
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
9楼2014-01-07 22:03:27
|
楼主你好，如何知道哪些原子之间存在bond，哪些bond多余应该删除？还是说晶体结构内的化学键没有那么重要？只要整个结构美观，没有多余的化学键形成就行？ 发自小木虫Android客户端 |
10楼2019-03-20 20:14:03
