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高斯拉格朗日金虫 (小有名气)
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[求助]
大家知不知道Vesta能不能呢手动连接两个原子之间的键啊？
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| 感觉Vesta改变键长画图可不听话了，稍微小一点键就没了，稍微大一点又连得都是键，我想自己手动连接键，行不行啊？ |
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2楼2013-09-22 11:30:07
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5楼2013-09-23 11:24:46
6楼2013-09-24 11:02:31
7楼2014-01-07 15:56:28
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可以.....可以的 只是有得必有失 vesta 非常?姶髜可支援許多不同格式的檔案 其中一個叫 pdb (Protein Data Bank) 如果你能處理你的檔案變成 .pdb format 那就可以達成你的願望 下面我列出一個非常簡單的隨意的 pdb example 內容 COMPND test COMPND 1Created by VESTA HETATM 1 N1 0.944 0.961 0.944 1.00 1.00 N HETATM 2 N2 0.944 -0.944 -0.961 1.00 1.00 N HETATM 3 N3 -0.961 -0.944 0.944 1.00 1.00 N HETATM 4 C1 -0.965 0.965 -0.965 1.00 1.00 C END 這樣的結構 "有可能" 會造成 3D visualization 軟體無法產生 "鍵" 此時只要小修改~ 如下 COMPND test COMPND 1Created by VESTA HETATM 1 N1 0.944 0.961 0.944 1.00 1.00 N HETATM 2 N2 0.944 -0.944 -0.961 1.00 1.00 N HETATM 3 N3 -0.961 -0.944 0.944 1.00 1.00 N HETATM 4 C1 -0.965 0.965 -0.965 1.00 1.00 C CONECT 1 2 CONECT 2 4 END 如此一?韣 1, 2 原子就會?娖扔墟I~ 2,4 原子?娖扔墟I ( CONECT .. 我沒有拼錯~ 它就是這樣叫...不要打成 CONNECT 喔) 但~如同我一開頭講的 有得必有失 .pdb 檔案主要是處理分子系統 所以它不會有"週期性" 也就是你的 unit cell 那個 box 就會消失掉 我相信一定還有其它變通方式......暫時想不到 |
8楼2014-01-07 16:48:26
Physicser
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9楼2014-01-07 22:03:27
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楼主你好，如何知道哪些原子之间存在bond，哪些bond多余应该删除？还是说晶体结构内的化学键没有那么重要？只要整个结构美观，没有多余的化学键形成就行？ 发自小木虫Android客户端 |
10楼2019-03-20 20:14:03