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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS6.0处理石墨烯分子
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huachao90

禁虫 (正式写手)
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1楼2013-09-14 15:17:31
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Voland

金虫 (小有名气)
你是说Blend是吧？不是Mix，是construct……
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Yağma！Yağma！Yağma！
7楼2013-09-23 16:45:21
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Voland

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
huachao90: 金币+3, ★★★★★最佳答案 2013-09-23 12:39:11
……我倒回去才看到你这个帖子……
我个人认为，这和你到底要干啥有关系。
1. 如果你是想知道水溶剂环境下石墨烯表面的电荷分布，然后再从库仑力方面去考虑对离子的作用，可以不用MS而用Gaussian几何优化，然后再进行溶剂化能量计算，最后计算电荷，可以得到水溶剂环境下的表面电荷分布。
2. 如果你是想考虑离子在石墨烯表面的热力学结合活性位点，用Adsorption Locator，用模拟退火的办法可以确定位点在何处。不过该方法不能调整溶剂环境而视为真空，你可以在模型中先追加水分子。
……具体看你想干啥咯……
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Yağma！Yağma！Yağma！
2楼2013-09-22 21:48:43
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huachao90

禁虫 (正式写手)
本帖内容被屏蔽
3楼2013-09-23 12:41:16
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Voland

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
huachao90: 金币+2, 只剩下2金币了，以后再给你不加 2013-09-23 14:17:12
这个我想了下，应该有不少办法。
首先是电荷添加，我觉得，如果你的模型很大，而且你不是知道每个C原子的电荷，可以考虑整体赋电荷值，让某一层石墨烯带上正电荷或者负电荷。如果模型不大，你又能知道每个C原子的电荷，可以考虑每个原子赋电荷值。（考虑到你这个是周期性单元，其实两者差不太多啦，不过模型大一些最好，具体多大得你自己斟酌了）
然后是环境调整和计算。
1. 我之前发给你了DMol3追加溶剂的办法，如果你觉得水比较重要，可以考虑追加溶剂，但是只限于DMol3模块使用该方法。还有一种追加溶剂的办法就是用Blend把你的三层石墨烯分子和较多的H2O construct起来，这样的话也可以代表溶剂环境。第三种追加溶剂的办法就是用Adsorption Locator把H2O通过模拟退火引到你的三层石墨烯分子中。
2. Na+和Cl-和追加溶剂的后两种办法一样，目的都是为了让系统通过各种算法自动地把你所想引入的一些环境因素引入到你的模拟体系中。当然也可以手动，不过我个人更喜欢自动一点。
3. 计算离子分布情况，也就是非键作用的一种选择，你可以在模型建立完之后先几何优化（你的模型元素不是很麻烦，应该很多模块中的很多方法都可以使用），然后可以获得热力学上一个比较合适的构象，于是你可以进行分析了。
4. 如果你还有闲暇，可以再算算分子动力学，看看时间尺度上的情况。
必须提醒你的一点是，我并没有做过你所说的类似工作，你最好最好还是去找找文献，看看别人怎么做的，有一个类似的工作然后你再开展起来也会更容易让审稿人信服一点。当然……如果你是首创，建议你再多找些会计算的人问问，听听他们的意见，以上。
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Yağma！Yağma！Yağma！
4楼2013-09-23 13:28:31
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