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1075460936

铜虫 (小有名气)

[求助] 求助。。。

Sample Text
各位大神，小弟有个关于高斯计算中优化离子型分子的问题。在此以氯化铵的分子结构优化为例，在gview中画出铵离子和氯离子后，提交高斯运算时需要用fragment来定义分子片段铵离子的电荷+1和氯离子-1吗，还是直接提交计算就行了？两种计算结果在gview中查看电荷分布是一样的。直接提交计算会不会把离子当成自由基来计算？在高斯说明书上没看懂fragment的含义。
跪求解答。。。
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1楼 2013-09-08 12:06:10
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1075460936

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhou2009 at 2013-09-08 14:14:34
氯化铵的计算，本不必作为分子片来计算的。这时是无温度、气相的情形。这时它只是个极性分子，象你现在计算的那样。

铵离子和氯离子的概念，是在水中的，形成铵水合离子和氯水合离子。

优化离子型分子要小心， ...

谢谢您的帮助！我还有点疑问，按您的意思，我的理解就是说只要没有考虑溶剂存在的条件下，就没有所谓的离子的说法，就无需用分子片。在考虑溶剂存在的条件下，只要没有形成离子，也是无需用分子片的吧，如氯化铵在甲醇中呢（不知道是否合适）？

分子片主要用在什么地方，gview上的说明我没看懂。

希望您能再回答下，谢谢
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3楼2013-09-09 09:29:45
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zhou2009

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
ben_ladeng: 金币+2, 谢谢解答 2013-09-08 18:27:42
1075460936: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 谢谢 2013-09-09 09:01:54
氯化铵的计算，本不必作为分子片来计算的。这时是无温度、气相的情形。这时它只是个极性分子，象你现在计算的那样。

铵离子和氯离子的概念，是在水中的，形成铵水合离子和氯水合离子。

优化离子型分子要小心，要看是否可以忽略掉溶剂水的计算（显式或隐式），不要把忽略水存在的计算，当成想像中的有水的离子情形。
纯分子计算出的性质是分子的内因，水是外因，外因通过内因起作用。起作用到什么程度，是否影响到你所观察到的分子性质，决定你是否需要考虑溶剂水的计算。考虑溶剂水的计算难度较大。
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2楼2013-09-08 14:14:34
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zhou2009

版主 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 1075460936 at 2013-09-09 09:29:45
谢谢您的帮助！我还有点疑问，按您的意思，我的理解就是说只要没有考虑溶剂存在的条件下，就没有所谓的离子的说法，就无需用分子片。在考虑溶剂存在的条件下，只要没有形成离子，也是无需用分子片的吧，如氯化铵在 ...

你所涉及的体系，考虑为正负离子即可，不必一定要说成是分子片。

对任意一个化学体系，当考虑相连的这一部分与那一部分的相互作用，可以将二者划分为分子片，做这种体系的电子密度差，从而可以看到它们之间的相互影响，从电子密度差可以看到相互作用的具体情形。
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4楼2013-09-09 10:01:30
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1075460936

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by zhou2009 at 2013-09-09 10:01:30
你所涉及的体系，考虑为正负离子即可，不必一定要说成是分子片。

对任意一个化学体系，当考虑相连的这一部分与那一部分的相互作用，可以将二者划分为分子片，做这种体系的电子密度差，从而可以看到它们之间的相 ...

谢谢您，不好意思，还有个问题，就是关于gview中画这种分子，gview中是不分离子，自由基的吧，需要在gauss输入文件中写出电荷，但是这种包含正负离子的分子本身是0电荷的，输入文件就是0,1，如何保证gauss是按照离子还是自由基计算的呢，正负离子的电荷要如何表示在输入文件中呢？（以氯化铵为例）

# opt hf/3-21g geom=connectivity

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0 1
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H                  0.21704252   -0.91955738    0.00000000
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H                 -1.11627907    0.02326826   -0.00000000
是否是这样的呢？
不好意思，麻烦您了！
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5楼2013-09-09 10:50:57
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