24小时热门版块排行榜    

查看: 740  |  回复: 6

1075460936

铜虫 (小有名气)

[求助] 求助。。。

Sample Text
各位大神,小弟有个关于高斯计算中优化离子型分子的问题。在此以氯化铵的分子结构优化为例,在gview中画出铵离子和氯离子后,提交高斯运算时需要用fragment来定义分子片段铵离子的电荷+1和氯离子-1吗,还是直接提交计算就行了?两种计算结果在gview中查看电荷分布是一样的。直接提交计算会不会把离子当成自由基来计算?在高斯说明书上没看懂fragment的含义
跪求解答。。。
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhou2009

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
ben_ladeng: 金币+2, 谢谢解答 2013-09-08 18:27:42
1075460936: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 谢谢 2013-09-09 09:01:54
氯化铵的计算,本不必作为分子片来计算的。这时是无温度、气相的情形。这时它只是个极性分子,象你现在计算的那样。

铵离子和氯离子的概念,是在水中的,形成铵水合离子和氯水合离子。

优化离子型分子要小心,要看是否可以忽略掉溶剂水的计算(显式或隐式),不要把忽略水存在的计算,当成想像中的有水的离子情形。
纯分子计算出的性质是分子的内因,水是外因,外因通过内因起作用。起作用到什么程度,是否影响到你所观察到的分子性质,决定你是否需要考虑溶剂水的计算。考虑溶剂水的计算难度较大。
2楼2013-09-08 14:14:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

1075460936

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zhou2009 at 2013-09-08 14:14:34
氯化铵的计算,本不必作为分子片来计算的。这时是无温度、气相的情形。这时它只是个极性分子,象你现在计算的那样。

铵离子和氯离子的概念,是在水中的,形成铵水合离子和氯水合离子。

优化离子型分子要小心, ...

谢谢您的帮助!我还有点疑问,按您的意思,我的理解就是说只要没有考虑溶剂存在的条件下,就没有所谓的离子的说法,就无需用分子片。在考虑溶剂存在的条件下,只要没有形成离子,也是无需用分子片的吧,如氯化铵在甲醇中呢(不知道是否合适)?

分子片主要用在什么地方,gview上的说明我没看懂。

希望您能再回答下,谢谢
3楼2013-09-09 09:29:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhou2009

版主 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 1075460936 at 2013-09-09 09:29:45
谢谢您的帮助!我还有点疑问,按您的意思,我的理解就是说只要没有考虑溶剂存在的条件下,就没有所谓的离子的说法,就无需用分子片。在考虑溶剂存在的条件下,只要没有形成离子,也是无需用分子片的吧,如氯化铵在 ...

你所涉及的体系,考虑为正负离子即可,不必一定要说成是分子片。

对任意一个化学体系,当考虑相连的这一部分与那一部分的相互作用,可以将二者划分为分子片,做这种体系的电子密度差,从而可以看到它们之间的相互影响,从电子密度差可以看到相互作用的具体情形。
4楼2013-09-09 10:01:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

1075460936

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by zhou2009 at 2013-09-09 10:01:30
你所涉及的体系,考虑为正负离子即可,不必一定要说成是分子片。

对任意一个化学体系,当考虑相连的这一部分与那一部分的相互作用,可以将二者划分为分子片,做这种体系的电子密度差,从而可以看到它们之间的相 ...

谢谢您,不好意思,还有个问题,就是关于gview中画这种分子,gview中是不分离子,自由基的吧,需要在gauss输入文件中写出电荷,但是这种包含正负离子的分子本身是0电荷的,输入文件就是0,1,如何保证gauss是按照离子还是自由基计算的呢,正负离子的电荷要如何表示在输入文件中呢?(以氯化铵为例)

# opt hf/3-21g geom=connectivity

Title Card Required

0 1
Cl                -3.83720934   -0.20930232    0.00000000
N                 -0.11627907    0.02325581    0.00000000
H                  0.21704252   -0.91955738    0.00000000
H                  0.21706013    0.49465618    0.81649658
H                  0.21706013    0.49465618   -0.81649658
H                 -1.11627907    0.02326826   -0.00000000
是否是这样的呢?
不好意思,麻烦您了!
5楼2013-09-09 10:50:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhou2009

版主 (著名写手)

正负离子的电荷不能表示在输入文件中。因为这里只是一个极性分子而已。
6楼2013-09-09 11:11:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

1075460936

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by zhou2009 at 2013-09-09 11:11:50
正负离子的电荷不能表示在输入文件中。因为这里只是一个极性分子而已。

好的,谢谢
7楼2013-09-09 11:47:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 1075460936 的主题更新
信息提示
请填处理意见