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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » VMD dynamic network analysis 在windows下出现问题怎么解决？
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stevenchem

金虫 (小有名气)

[求助] VMD dynamic network analysis 在windows下出现问题怎么解决？

最近想用VMD做一下动力学网络分析，我按照教程上的说明下载了相关软件包括VMD、carma、catdcd、gncommunities and subopt 等。由于catdcd没有在VMD官方网站上找到windows版本，我就在其他地方找了一个catdcd5.1。一切按照教程上的说法安装好后，我尝试在VMD的TKConsole下运行了networkSetup network.config，但是却出现了这样的错误提示
432 atoms are declared in the PSF file.
Can not open DCD file for read. Abort.
child process exited abnormally
我自己认为还是catdcd这部分出现了问题，请问有没有人出现过类似的问题，你是怎么解决的？有没有其他的可在windows下运行的catdcd版本，能不能给我发一下？还有没有其他能进行动力学网络分析的软件和方法，可不可以分享一下。多谢了！
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一山

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1楼 2013-09-06 21:58:28
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903855173

新虫 (初入文坛)
你好，请问你现在动态网络的方法做通了吗？我目前也想做，但是是gromacs跑的结果，请问你知道如何把gromacs结果转换成psf dcd 文件吗？
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2楼2014-05-01 09:14:49
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华理早起的虫

新虫 (小有名气)
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以前舍不得花十分钟看war3replay，现在却可以花一下午去打dota，总觉得以前不够努力，是人在越来越堕落，直到对生活妥协。
3楼2015-03-12 11:15:28
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华理早起的虫

新虫 (小有名气)
内容已删除
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以前舍不得花十分钟看war3replay，现在却可以花一下午去打dota，总觉得以前不够努力，是人在越来越堕落，直到对生活妥协。
4楼2015-03-12 11:15:39
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一山

铁杆木虫 (正式写手)
送红花一朵
楼主能共享一下catdcd5.1嘛？
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忽悠王之俗家弟子
5楼2018-06-05 14:25:50
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