24小时热门版块排行榜    

查看: 1460  |  回复: 4

stevenchem

金虫 (小有名气)

[求助] VMD dynamic network analysis 在windows下出现问题怎么解决?

最近想用VMD做一下动力学网络分析,我按照教程上的说明下载了相关软件包括VMD、carma、catdcd、gncommunities and subopt 等。由于catdcd没有在VMD官方网站上找到windows版本,我就在其他地方找了一个catdcd5.1。一切按照教程上的说法安装好后,我尝试在VMD的TKConsole下运行了networkSetup network.config,但是却出现了这样的错误提示
432 atoms are declared in the PSF file.
Can not open DCD file for read. Abort.
child process exited abnormally
我自己认为还是catdcd这部分出现了问题,请问有没有人出现过类似的问题,你是怎么解决的?有没有其他的可在windows下运行的catdcd版本,能不能给我发一下?还有没有其他能进行动力学网络分析的软件和方法,可不可以分享一下。多谢了!
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

903855173

新虫 (初入文坛)

你好,请问你现在动态网络的方法做通了吗?我目前也想做,但是是gromacs跑的结果,请问你知道如何把gromacs结果转换成psf dcd 文件吗?
2楼2014-05-01 09:14:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

华理早起的虫

新虫 (小有名气)

内容已删除
以前舍不得花十分钟看war3replay,现在却可以花一下午去打dota,总觉得以前不够努力,是人在越来越堕落,直到对生活妥协。
3楼2015-03-12 11:15:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

华理早起的虫

新虫 (小有名气)

内容已删除
以前舍不得花十分钟看war3replay,现在却可以花一下午去打dota,总觉得以前不够努力,是人在越来越堕落,直到对生活妥协。
4楼2015-03-12 11:15:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

一山

铁杆木虫 (正式写手)

送红花一朵
楼主能共享一下catdcd5.1嘛?
忽悠王之俗家弟子
5楼2018-06-05 14:25:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 stevenchem 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 我的国基提前知道中了,可是同事的操作让我实在接受不了,怎么会有这样的人 +8 家与远方 2026-08-10 13/650 2026-08-11 09:49 by 家与远方
[基金申请] 为什么网上很多人说本周 12号出结果 +5 瞬息宇宙 2026-08-10 5/250 2026-08-11 09:29 by 铁帽子农民
[基金申请] 奇怪,两个人的filecode固定段从头到尾一模一样 +5 布布和一二 2026-08-10 5/250 2026-08-11 09:17 by xiaruohan
[基金申请] 帮忙看看fileCode +6 wwncly 2026-08-10 11/550 2026-08-11 09:14 by xiaruohan
[基金申请] 基金中了 +15 laoda193707 2026-08-06 15/750 2026-08-11 00:11 by jiafei2190
[基金申请] filecode +8 documentary 2026-08-10 8/400 2026-08-10 19:20 by loufangrui
[基金申请] 确定了,国自然21号放榜 +6 布布和一二 2026-08-10 7/350 2026-08-10 19:15 by 2000zf36392
[基金申请] 关于代码变化问题,想知道的进来 +17 且听虎啸 2026-08-07 24/1200 2026-08-10 18:35 by zhangduo2008
[基金申请] 关于Filecode分析方法 +3 majunge000 2026-08-10 3/150 2026-08-10 15:46 by lch2012
[基金申请] 应该是93bebmhtak前后十一个字符比较关键 +14 Lanmanbaby 2026-08-09 22/1100 2026-08-10 14:57 by wwncly
[基金申请] 8月时间戳变的,举个手。玩一下,释放压力 +11 archvillain 2026-08-04 13/650 2026-08-10 14:41 by seekfind
[基金申请] 据悉今年马上要出结果了 +7 瞬息宇宙 2026-08-10 8/400 2026-08-10 12:42 by Vivilian
[基金申请] 2026国自然放榜时间 +9 布布和一二 2026-08-08 9/450 2026-08-10 11:22 by xxxx2020
[基金申请] 面上项目filecode邪修 +5 西山十月 2026-08-09 7/350 2026-08-10 07:32 by 仁砚薪传
[基金申请] filecode与中标关系的预测 +5 布布和一二 2026-08-07 5/250 2026-08-09 16:15 by 袁向阳007
[基金申请] 关于filecode,很负责任的告诉大家 +6 爱看书的可乐 2026-08-08 7/350 2026-08-08 22:13 by a_niu
[基金申请] 大家散了吧,后缀研究没有意义,别浪费时间了,过好目前的每一天,不要焦虑 +5 Tide man 2026-08-06 7/350 2026-08-07 13:11 by 医学老男孩
[基金申请] filecode +14 等待解的谜 2026-08-06 19/950 2026-08-07 12:20 by wlwhappy
[基金申请] filecode +8 布布和一二 2026-08-06 11/550 2026-08-06 20:41 by tangpu318
[基金申请] 求各位大神看下 100+6 hpkpkpkp 2026-08-05 33/1650 2026-08-06 14:49 by zhiyanjiang
信息提示
请填处理意见