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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS-Sorption 模块模拟的FH势量子效应和μPT系综求助
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ghcacj

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阿超

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9楼: Originally posted by Voland at 2013-09-17 13:45:53
就是把温度那里改成77K啊……不过看起来MS没办法考虑量子效应了……所以低温并不是非常精确呢……...

N2在低温下不存在FH量子效应，不过在低温下N2会表现出较强的四极距，所以在模拟低温下N2吸附时，最好选用N2 three sites模型。
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11楼2013-09-20 18:21:52
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Voland

金虫 (小有名气)
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11楼: Originally posted by ghcacj at 2013-09-20 18:21:52
N2在低温下不存在FH量子效应，不过在低温下N2会表现出较强的四极距，所以在模拟低温下N2吸附时，最好选用N2 three sites模型。...

请问版主大人，什么情况下低温时候会需要考虑量子效应？我只记得H2有，然后我想量子效应应该是粒子在低温状态下表现出量子行为的现象吧？为什么N2没有呢？
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Yağma！Yağma！Yağma！
12楼2013-09-20 21:02:32
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ghcacj

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12楼: Originally posted by Voland at 2013-09-20 21:02:32
请问版主大人，什么情况下低温时候会需要考虑量子效应？我只记得H2有，然后我想量子效应应该是粒子在低温状态下表现出量子行为的现象吧？为什么N2没有呢？...

具体啥原因真不清楚，不过就我阅读过的文献，H2在低温下考虑FH效应，N2是不用考虑的。
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Voland
13楼2013-09-21 08:30:57
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Voland

金虫 (小有名气)
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13楼: Originally posted by ghcacj at 2013-09-21 08:30:57
具体啥原因真不清楚，不过就我阅读过的文献，H2在低温下考虑FH效应，N2是不用考虑的。...

版主大人，我有一个小问题要请教一下您。
模拟的时候，有时候压力差别不是很大的两个点，在输出结果上，有时候后者比前者更低，整条吸附等温线呈现波动状态。我也知道这是Monte Carlo算法引入随机数和平衡的问题，虽然考虑多次平均，可是效果不好，结果感觉真的不美观，有什么办法吗？
我突发奇想，觉得能不能用Snapshots导出最后一个结构（还是尽量保证达到平衡了），然后再在这个结构的基础上再进行吸附计算，这样的结果可以保证吸附等温线呈现单调递增的走势。
之所以这么想，是因为我觉得，实际中测吸附等温线点的时候，下一个点是受到上一个点的影响的，那么模拟能不能也这样呢？就像递推公式一样，下一个点是在上一个点的基础上用Monte Carlo算法所得的。
如果说有什么问题的话，就是该点所得的y+△y（y表示吸附量）中的y，在正常的流程中是一个平均值，而这里是一个吸附摩尔量为正数的结果，y(max)略大于y(average)，但是我想，如果真的达到了平衡，这两者应该是很接近的。不过真的如我所想吗？我不知道。
还望版主大人能够予以告知。
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Yağma！Yağma！Yağma！
14楼2013-09-24 21:44:46
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ghcacj

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首先，你说的这个类似于接力的方法是可行的，并且很多时候的确是这么做，尤其在吸附量大的时候可以大量地节省时间。
其次你说的波动情况显然是你计算步数太少导致的，不知道你的体系是怎样的，选择的步数又是多少。根据我的经验，吸附量越大，计算所需的步数越多。比如一般的mof，3000万左右的步数可以很好的降低误差。

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sunny11223
15楼2013-09-25 10:47:56
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Voland

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15楼: Originally posted by ghcacj at 2013-09-25 10:47:56
首先，你说的这个类似于接力的方法是可行的，并且很多时候的确是这么做，尤其在吸附量大的时候可以大量地节省时间。
其次你说的波动情况显然是你计算步数太少导致的，不知道你的体系是怎样的，选择的步数又是多少。 ...

感谢您的回答，3000万步啊……我一般都600万步，而且版主大人，如果晶胞用2×2×1的超晶胞建模，600万步在我所算的MOF体系里面耗时会比较长……我想，是不是模拟中并不如实际测量一般，有接近60个点，而是相对来说更少呢？
另外，就我所知，Sorption模块应该是不能计算非弱极性吸附质分子和液体分子的，那它的主要意义就是计算单组份和多组分的吸附等温线吗？
非常期待您的回答。
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ghcacj
Yağma！Yağma！Yağma！
16楼2013-09-25 11:22:51
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ghcacj

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16楼: Originally posted by Voland at 2013-09-25 11:22:51
感谢您的回答，3000万步啊……我一般都600万步，而且版主大人，如果晶胞用2×2×1的超晶胞建模，600万步在我所算的MOF体系里面耗时会比较长……我想，是不是模拟中并不如实际测量一般，有接近60个点，而是相对来说 ...

如果你只算一个晶胞，600万步足够了，可是你建立了超胞，那么现在一个超胞的吸附量是原来的四倍，那么就更难以稳定，所以3000万步以上是有必要的。至于你说的计算体系，据我了解是物理吸附都可以计算，我看过苯和噻吩的分离等等，至于你说的非弱极性，可否举例？

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17楼2013-09-25 13:01:39
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Voland

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17楼: Originally posted by ghcacj at 2013-09-25 13:01:39
如果你只算一个晶胞，600万步足够了，可是你建立了超胞，那么现在一个超胞的吸附量是原来的四倍，那么就更难以稳定，所以3000万步以上是有必要的。至于你说的计算体系，据我了解是物理吸附都可以计算，我看过苯和噻 ...

多谢版主大人的回答。
首先想问一下超晶胞是不是比1×1×1更精确？如果不是，它有什么优势吗？
然后，我印象中，如果是溶剂体系，会不会因为忽略了溶剂效应直接采取真空情况下模拟而导致结果不可靠？
最后，我记得Sorption模块自带的函数是L-J-6-12函数，该函数的缺陷是只能对弱极性分子进行计算，换句话说例如SO2、CO等都不是非常合适。
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18楼2013-09-25 13:37:22
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ghcacj

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阿超

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采用多胞的目的就是增大样本数降低随机误差，所以对于晶胞本身较小的吸附剂，采用多胞是必须的。SORPTION除了LJ势能外还包含库仑作用力，CO可以很好的用这两种力描述。SO2看到的不多但是应该可以做的，我有点记不得了。至于你说的液相吸附也可以算，这方面文献也不少。

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19楼2013-09-25 13:57:47
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Voland

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19楼: Originally posted by ghcacj at 2013-09-25 13:57:47
采用多胞的目的就是增大样本数降低随机误差，所以对于晶胞本身较小的吸附剂，采用多胞是必须的。SORPTION除了LJ势能外还包含库仑作用力，CO可以很好的用这两种力描述。SO2看到的不多但是应该可以做的，我有点记不得 ...

多谢版主大人的回答……
我想了一下，还有一点问题想请教您一下。对于修改力场，比方说CO和SO2这些气体，我找了一些文献，没有看到LJ-6-12那个公式所需要的两个VDW参数。我也找过了当年的TraPPE力场，发现它是主要关于蛋白质分子的VDW参数，如果我想获取那两个参数，一般来说是两个做法：一种就是用Gaussian势能面扫描活性位点（Adsorption Locator确定位置）和吸附质分子再拟合参数得到，另一种是从黏度实验中获取。依您之见，这些极性比较强的气体，用哪种方法更适合呢？
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20楼2013-09-25 16:35:07
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