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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS-Sorption 模块模拟的FH势量子效应和μPT系综求助
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sunny11223

铁杆木虫 (著名写手)
送红花一朵
请教LZ与ghcacj版主几个问题。
一，关于breathing的这种MOF吸附问题LZ最终选择了什么样的计算方法，是sorption+forcite?还是其他的方式？看到Jiang的文献中用到bigmac code+DL_POLY的方法，GEMC/MD 方法。我现在不确定单单从MS中的Sorption+forcite 能不能实现像文献中的这种模拟过程，请LZ指点。
第二个问题，关于MS（Sorption）。像一些气体在MOFs中吸附的文献，GCMC模拟过程用的是bigmac code，或music code这样，这个过程中吸附剂和吸附质的力场可以进行不同的选择，比如CH4可能会选择TraPPE，吸附剂选择UFF或者DREIDING。而对于sorption版块好像只能选择针对于吸附剂的一种力场，如果想用sorption来模拟GCMC的话，力场方面有什么好的办法，请LZ与ghcacj版主指点。
三，如果用MS中forcite模拟吸附剂框架breathing或者flexible的时候，是不是对sorption结束后的低能量构象拿去跑动力学，请问跑动力学的时候是直接拿这个构象跑NPT呢，还是把这个构象上下建上真空层（就是相当于把这个构象放在一盒子里）。这个动力学过程一般跑多长时间？
四，关于修改力场。因为是刚接触MS不久，对于力场修改一直觉得很复杂，请问修改力场参数的话是不是根据文献中所给出的吸附剂与吸附质分子，原子的L-J参数，在对应的力场中进行修改，然后把这个力场保存成其它力场（比如保存成UFF2），然后模拟过程中力场选择UFF2。请问是不是这样一个过程？
非常感谢！
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21楼2015-06-12 21:56:46
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sunny11223

铁杆木虫 (著名写手)
送红花一朵
引用回帖:
15楼: Originally posted by ghcacj at 2013-09-25 10:47:56
首先，你说的这个类似于接力的方法是可行的，并且很多时候的确是这么做，尤其在吸附量大的时候可以大量地节省时间。
其次你说的波动情况显然是你计算步数太少导致的，不知道你的体系是怎样的，选择的步数又是多少。 ...

请教LZ与ghcacj版主几个问题。
一，关于breathing的这种MOF吸附问题LZ最终选择了什么样的计算方法，是sorption+forcite?还是其他的方式？看到Jiang的文献中用到bigmac code+DL_POLY的方法，GEMC/MD 方法。我现在不确定单单从MS中的Sorption+forcite 能不能实现像文献中的这种模拟过程，请LZ指点。
第二个问题，关于MS（Sorption）。像一些气体在MOFs中吸附的文献，GCMC模拟过程用的是bigmac code，或music code这样，这个过程中吸附剂和吸附质的力场可以进行不同的选择，比如CH4可能会选择TraPPE，吸附剂选择UFF或者DREIDING。而对于sorption版块好像只能选择针对于吸附剂的一种力场，如果想用sorption来模拟GCMC的话，力场方面有什么好的办法，请LZ与ghcacj版主指点。
三，如果用MS中forcite模拟吸附剂框架breathing或者flexible的时候，是不是对sorption结束后的低能量构象拿去跑动力学，请问跑动力学的时候是直接拿这个构象跑NPT呢，还是把这个构象上下建上真空层（就是相当于把这个构象放在一盒子里）。这个动力学过程一般跑多长时间？
四，关于修改力场。因为是刚接触MS不久，对于力场修改一直觉得很复杂，请问修改力场参数的话是不是根据文献中所给出的吸附剂与吸附质分子，原子的L-J参数，在对应的力场中进行修改，然后把这个力场保存成其它力场（比如保存成UFF2），然后模拟过程中力场选择UFF2。请问是不是这样一个过程？
非常感谢！
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22楼2015-06-12 21:56:58
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