应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 吸附计算可否人为添加化学键？
111/2返回列表12下一页
查看: 2405  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

伊点若天

金虫 (小有名气)

[求助] 吸附计算可否人为添加化学键？

做小分子表面吸附，以往的步骤是将优化好的小分子放到优化好的表面分子上部一定距离，然后进行优化，得到最终可能的吸附构型。可否直接构造小分子吸附于表面上（添加共价键、氢键），然后进行优化？

[ Last edited by 伊点若天 on 2013-9-2 at 14:43 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-09-02 08:18:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Joannaouc

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
伊点若天: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-09-04 08:24:43
可以，不过这些键只是指导你来添加小分子，在实际计算过程中一般软件是‘看不到’你添加的键的，只会按照他们自己算法去解薛定谔方程
赞一下 回复此楼
2楼2013-09-02 15:49:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

伊点若天

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by Joannaouc at 2013-09-02 15:49:48
可以，不过这些键只是指导你来添加小分子，在实际计算过程中一般软件是‘看不到’你添加的键的，只会按照他们自己算法去解薛定谔方程

也就是说做小分子表面吸附，还是将小分子放置在表面上放一定位置，然后固定下层原子层，进行优化计算，最终得到可能的吸附构型？
赞一下 回复此楼
3楼2013-09-02 15:54:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

吕洁丽霞

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by Joannaouc at 2013-09-02 15:49:48
可以，不过这些键只是指导你来添加小分子，在实际计算过程中一般软件是‘看不到’你添加的键的，只会按照他们自己算法去解薛定谔方程

想问一下，一般底层的超胞建几个？
赞一下 回复此楼
我们还在呼吸空气，所以要努力
4楼2013-09-02 16:58:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Joannaouc

木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 伊点若天 at 2013-09-02 16:54:21
也就是说做小分子表面吸附，还是将小分子放置在表面上放一定位置，然后固定下层原子层，进行优化计算，最终得到可能的吸附构型？...

对
5楼2013-09-02 21:06:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Joannaouc

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by 吕洁丽霞 at 2013-09-02 17:58:37
想问一下，一般底层的超胞建几个？...

超胞只有一个，我猜你是想问建几层。一般四到六层。
赞一下 回复此楼
6楼2013-09-02 21:08:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

天棚元帅

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
完全可以，

但问题是，在你不熟悉基本成键规律 或说 大致合理的键长键角值情况下，你可能会构造出不合理的吸附结构并导致优化失败
赞一下 回复此楼
A man gets what he earns when he earns it.
7楼2013-09-03 06:16:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

吕洁丽霞

金虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by Joannaouc at 2013-09-02 21:08:02
超胞只有一个，我猜你是想问建几层。一般四到六层。...

谢谢
回复此楼
我们还在呼吸空气，所以要努力
8楼2013-09-03 08:31:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

伊点若天

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by Joannaouc at 2013-09-02 21:06:46
对...

是因为我做了好几个这样的优化模型，小分子总是没有成功吸附上，所以我考虑是否可以人为构造化学键来进行优化计算。
赞一下 回复此楼
9楼2013-09-03 09:01:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

伊点若天

金虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 天棚元帅 at 2013-09-03 06:16:02
完全可以，

但问题是，在你不熟悉基本成键规律 或说 大致合理的键长键角值情况下，你可能会构造出不合理的吸附结构并导致优化失败

是因为我做了好几个这样的优化模型，小分子总是没有成功吸附上，所以我考虑是否可以人为构造化学键来进行优化计算。
赞一下 回复此楼
10楼2013-09-03 09:01:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 伊点若天 的主题更新
111/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[教师之家] 课题组会帮你通过考核么？ +3 好运来～9527 2026-10-10 6/300 2026-10-12 14:55 by 简单化xn
[有机交流] OpenAI又攻克数学难题了，离AI做有机合成还有多远？ +4 wangyl_123 2026-10-10 7/350 2026-10-12 14:47 by chuans0923
[公派出国] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 9/450 2026-10-11 22:34 by XQNyDCa1Tk5n
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 22:26 by XQNyDCa1Tk5n
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 22:26 by XQNyDCa1Tk5n
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 9/450 2026-10-11 22:15 by XQNyDCa1Tk5n
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 22:11 by XQNyDCa1Tk5n
[教师之家] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 (EPI+-1)(金币-50) +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 22:06 by XQNyDCa1Tk5n
[基金申请] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 9/450 2026-10-11 22:06 by XQNyDCa1Tk5n
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 (EPI+-1)(金币-50) +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 14:25 by VOMexwnDzOFZ
[教师之家] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 (EPI+-1)(金币-50) +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 14:05 by VOMexwnDzOFZ
[考研] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 13:51 by VOMexwnDzOFZ
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 13:45 by VOMexwnDzOFZ
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 10:54 by VOMexwnDzOFZ
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 10:34 by VOMexwnDzOFZ
[考博] 招收博士生一名 +3 mandolin 2026-10-10 3/150 2026-10-11 10:21 by 不是山谷！
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 4/200 2026-10-11 03:14 by M0zrYVSAnxpE
[有机交流] 各位大佬，路线设计求助 +6 zapen 2026-10-08 8/400 2026-10-10 15:59 by zapen
[基金申请] 入职后第一次管课题组的专利缴费，对账才发现官费比别人多掏了一倍 +5 13108017953 2026-10-08 5/250 2026-10-10 11:15 by wdwd123
[有机交流] 我应该选哪条合成路线让实验成功率高一些？ +5 jing816y 2026-10-08 9/450 2026-10-10 09:05 by zapen
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭