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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 吸附计算可否人为添加化学键？
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伊点若天

金虫 (小有名气)

[求助] 吸附计算可否人为添加化学键？

做小分子表面吸附，以往的步骤是将优化好的小分子放到优化好的表面分子上部一定距离，然后进行优化，得到最终可能的吸附构型。可否直接构造小分子吸附于表面上（添加共价键、氢键），然后进行优化？

[ Last edited by 伊点若天 on 2013-9-2 at 14:43 ]
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1楼 2013-09-02 08:18:33
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Joannaouc

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
伊点若天: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-09-04 08:24:43
可以，不过这些键只是指导你来添加小分子，在实际计算过程中一般软件是‘看不到’你添加的键的，只会按照他们自己算法去解薛定谔方程
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2楼2013-09-02 15:49:48
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伊点若天

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by Joannaouc at 2013-09-02 15:49:48
可以，不过这些键只是指导你来添加小分子，在实际计算过程中一般软件是‘看不到’你添加的键的，只会按照他们自己算法去解薛定谔方程

也就是说做小分子表面吸附，还是将小分子放置在表面上放一定位置，然后固定下层原子层，进行优化计算，最终得到可能的吸附构型？
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3楼2013-09-02 15:54:21
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吕洁丽霞

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by Joannaouc at 2013-09-02 15:49:48
可以，不过这些键只是指导你来添加小分子，在实际计算过程中一般软件是‘看不到’你添加的键的，只会按照他们自己算法去解薛定谔方程

想问一下，一般底层的超胞建几个？
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我们还在呼吸空气，所以要努力
4楼2013-09-02 16:58:37
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Joannaouc

木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 伊点若天 at 2013-09-02 16:54:21
也就是说做小分子表面吸附，还是将小分子放置在表面上放一定位置，然后固定下层原子层，进行优化计算，最终得到可能的吸附构型？...

对
5楼2013-09-02 21:06:46
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Joannaouc

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by 吕洁丽霞 at 2013-09-02 17:58:37
想问一下，一般底层的超胞建几个？...

超胞只有一个，我猜你是想问建几层。一般四到六层。
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6楼2013-09-02 21:08:02
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天棚元帅

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
完全可以，

但问题是，在你不熟悉基本成键规律 或说 大致合理的键长键角值情况下，你可能会构造出不合理的吸附结构并导致优化失败
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A man gets what he earns when he earns it.
7楼2013-09-03 06:16:02
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吕洁丽霞

金虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by Joannaouc at 2013-09-02 21:08:02
超胞只有一个，我猜你是想问建几层。一般四到六层。...

谢谢
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我们还在呼吸空气，所以要努力
8楼2013-09-03 08:31:49
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伊点若天

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by Joannaouc at 2013-09-02 21:06:46
对...

是因为我做了好几个这样的优化模型，小分子总是没有成功吸附上，所以我考虑是否可以人为构造化学键来进行优化计算。
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9楼2013-09-03 09:01:36
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伊点若天

金虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 天棚元帅 at 2013-09-03 06:16:02
完全可以，

但问题是，在你不熟悉基本成键规律 或说 大致合理的键长键角值情况下，你可能会构造出不合理的吸附结构并导致优化失败

是因为我做了好几个这样的优化模型，小分子总是没有成功吸附上，所以我考虑是否可以人为构造化学键来进行优化计算。
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10楼2013-09-03 09:01:42
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