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王家小姐

铁虫 (小有名气)

[交流] sdf从2d转成3d坐标中的bond block会发生变化吗 已有1人参与

请教问题如上,我用两种方法把sdf文件从2d转成3d后发现坐标发生变化:
第一种:把sdf文件用marvin打开加氢以后转成3d的
第三种:直接从2d转成3d
这两种方法所得到的结果Atom block一致,但是bond blocd有所变化,不知道是什么原因,现在也不知道哪种方法是对的。
ps:第一种方法2d和3d的bond block一样,请大侠帮帮我吧,谢谢谢谢,我刚接触,了解的不多
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王家小姐

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by truelk at 2013-08-30 21:36:02
bond block?恕我孤陋寡闻,还没听过这个词,是什么?sdf本来就是3D的吧?
一般2D转3D都涉及分子构象优化,键长和坐标有变化是正常的吧

你不能不参考这个网址帮我分析一下?http://en.wikipedia.org/wiki/Chemical_table_file#Molfile这里面的坐标中第三列都是0,这个是平面的意思吗?谢谢
加油,总有一天会成功
3楼2013-08-31 10:27:16
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truelk

木虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
bond block?恕我孤陋寡闻,还没听过这个词,是什么?sdf本来就是3D的吧?
一般2D转3D都涉及分子构象优化,键长和坐标有变化是正常的吧
一次次跌倒了,爬起来,站得更高
2楼2013-08-30 21:36:02
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truelk

木虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by 王家小姐 at 2013-08-31 10:27:16
你不能不参考这个网址帮我分析一下?http://en.wikipedia.org/wiki/Chemical_table_file#Molfile这里面的坐标中第三列都是0,这个是平面的意思吗?谢谢...

苯环本来就是平面结构啊,z坐标就应该是零
一次次跌倒了,爬起来,站得更高
4楼2013-08-31 12:13:38
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