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sdf从2d转成3d坐标中的bond block会发生变化吗 已有1人参与
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请教问题如上,我用两种方法把sdf文件从2d转成3d后发现坐标发生变化: 第一种:把sdf文件用marvin打开加氢以后转成3d的 第三种:直接从2d转成3d 这两种方法所得到的结果Atom block一致,但是bond blocd有所变化,不知道是什么原因,现在也不知道哪种方法是对的。 ps:第一种方法2d和3d的bond block一样,请大侠帮帮我吧,谢谢谢谢,我刚接触,了解的不多 ![]() ![]() ![]() |
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truelk
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2楼2013-08-30 21:36:02
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你不能不参考这个网址帮我分析一下?http://en.wikipedia.org/wiki/Chemical_table_file#Molfile这里面的坐标中第三列都是0,这个是平面的意思吗?谢谢 |

3楼2013-08-31 10:27:16
truelk
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4楼2013-08-31 12:13:38










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苯环本来就是平面结构啊,z坐标就应该是零
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