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SYSTEMS BIOLOGY AND SYNTHETIC BIOLOGY
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SYSTEMS BIOLOGY AND SYNTHETIC BIOLOGY For eword ix Cont ribut ors xi 1 Introdu ction 1 Pengcheng Fu 2 Basics of Molecu lar Biology , Genet ic Enginee ring, and Metabo lic Engine ering 9 Michael X. Wang and Huidong Shi 3 High-Throu ghput Technol ogies and Functiona l Genom ics 67 Xiu-Feng Wan and Dorothea K. Thompson 4 Genom ic Signal Proces sing of DNA Mi croarray Dat a for the Enhanced Pr ediction of Axi llary Lymph Node Status of Breast Cancer Tumo rs 115 Gordon S. Okimoto 5 Recom binant Genom es: Novel Resources for Systems Biology and Syntheti c Biology 155 Mitsuhiro Itaya 6 In sili co Genom e-S cale Metabol ic Mode ls: The Const raint-Ba sed Approac h and its Applicat ions 193 Andrew R. Joyce and Bernhard Ø. Palsson 7 Mathem atical Model ing of Genet ic Regul atory Networ ks: Stress Resp onses inEsc herichi a coli 235 Delphine Ropers, Hidde de Jong, and Johannes Geiselmann 8 Synthe tic Life: Eth obricks for a New Bio logy 273 Jordi Vallverdu′ and Claes Gustafsson vii 9 Yeast as a Pr ototype for Systems Bi ology 287 Goutham Vemuri and Jens Nielsen 10 Const ructi on and Applicat ions of Genom e-Scale in silic o Metabol ic Model s for Strain Impr oveme nt 355 Sang Yup Lee, Jin Sik Kim, Hongseok Yun, Tae Yong Kim, Seung Bum Sohn, and Hyun Uk Kim 11 Synt hetic Bi ology: Putting Engi neering into Bioe ngineeri ng 387 Matthias Heinemann and Sven Panke 12 Rat ionale s of Gene Design andde nov o Gene Cons truction 411 Marcus Graf, Thomas Schoedl, and Ralf Wagner 13 Self- Replicat ion in Chem istr y and Bio logy 439 Philipp Holliger and David Loakes 14 The Synthe tic Approac h for Regulatory and Metabol ic Circu its 467 Wilson W. Wong and James C. Liao 15 Synt hetic Gene Networ ks 489 David Greber and Martin Fussenegger 16 The Theory of Biologic al Robus tness and its Impli cation to Cancer 529 Hiroaki Kitano 17 Nucl eic Acid Engin eering 549 Wenlong Cheng, Liang Ding, Hisakage Funabashi, Nokyoung Park, Soong Ho Um, Jianfeng Xu, and Dan Luo 18 Pote ntial Applicat ions of Synth etic Bio logy in Marine Microbial Functional Ecolog y and Biotechn ology 577 Guangyi Wang and Juanita Mathews 19 On Fundam ental Implic ations of Syst ems and Synthe tic Biology 593 Cliff Hooker 20 Out standing Issues in Syst ems and Synthe tic Biology 615 Pengcheng Fu and Cliff Hooker Index 647 |
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