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zb0806030

银虫 (小有名气)

[求助] 求助拟南芥SALK突变体纯合体鉴定中的问题

我在鉴定SALK突变体纯合体过程中,发现以野生型的DNA为模板用LBb1+RP引物进行PCR的时候也能扩出同T-DNA插入突变体中相大小的条带,请教哪位高手给分析一下,为什么会这样,怎么解决此类问题?
    附件中的图为其中一次得结果,我分别用了三次提的Col DNA,结果都是一样的,请教高手解答,谢谢!
求助拟南芥SALK突变体纯合体鉴定中的问题
2013.8.28.jpg
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厚积薄发
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zb0806030

银虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 微笑莫凝汐 at 2013-10-29 17:06:34
楼主 请问一下  你是如何查到RP+LBb1扩出条带的大小的呢?还有 你是怎么知道LBb1是离LP近还是离RP近啊?也就是说我现在不懂如何设计T-DNA上的引物 不知道用哪个  也不知道它离LP和RP有多少距离。网上找到的LB引物的 ...

你可以上这个网站http://signal.salk.edu/tdnaprimers.2.html,在搜索框中输入你的T-DNA号,如salk_012345,搜索以后直接会给出LP 和RP的引物,这个引物网站设计好的,你检测T-DNA条带不管插入方向如何,只需要用RP+LBb1扩就可以了,一般网站设计的基因条带大小都为1000左右,T-DNA条带肯定小于基因条带。网站的LB不需要反向互补,可以直接可以用。
厚积薄发
10楼2014-12-16 20:15:33
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查看全部 16 个回答

十比

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zb0806030: 金币+2, 有帮助 2013-08-31 10:46:52
个人觉得是污染,PCR太灵敏,从图看明显可能是野生型的样品条带明显弱。
2楼2013-08-30 08:34:33
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zb0806030

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 十比 at 2013-08-30 08:34:33
个人觉得是污染,PCR太灵敏,从图看明显可能是野生型的样品条带明显弱。

谢谢你的回复,我再做PCR的时候做一个对照吧,看看是不是引物污染了,再次感谢!
厚积薄发
3楼2013-08-31 09:08:12
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小杰4444

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

你这个明显不是LB1+RP的条带大小啊,不是目的条带!改变退火温度再试试吧。
4楼2013-09-01 08:48:23
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