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41XY

铁虫 (初入文坛)

[求助] 蛋白一部分pdb做完优化后的回补

本人namd新手，论坛新虫。前日子做一个蛋白的模拟，由于蛋白有残基缺失，先用modeller对缺失部分做了预测，得到缺失部分结构后用将预测部分截取下来用namd做了优化，在优化的最后一步得到了1010frame的dcd文件等，然后将每个frame存成了pdb。本人希望将的到的pdb与原缺残基的蛋白pdb拼接到一起形成完整蛋白pdb。但本人发现优化模拟后得到的pdb中原子坐标与原蛋白已相差较大，无法复制粘贴回补（本人蛋白缺失102－115的残基，modeller预测修补后本人截取了100－117的残基做了模拟，模拟后得到的pdb中100，101，116，117号残基的坐标和原来的坐标相差很多）。本人不清楚是优化后提取pdb的方法有误还是什么。希望各位大侠给个指导如何将优化后的结构拼接回去。谢谢了。
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1楼 2013-08-19 14:24:54
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lccbat

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
41XY: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢啦~~ 2013-08-20 22:33:47
我觉得不应该把模拟的部分截取下来优化，而是对完整的蛋白进行优化，你可以限制其他原子的运动，只允许模拟片断的原子自由运动，这样，结果会更合理。

对于你的问题，只需要做一个分子叠加就可以了。比如，可以选择100和101两个残基，把模拟片断叠加到晶体结构上，再修改一下两端键的连接就可以了。
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2楼2013-08-20 03:10:25
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41XY

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lccbat at 2013-08-20 03:10:25
我觉得不应该把模拟的部分截取下来优化，而是对完整的蛋白进行优化，你可以限制其他原子的运动，只允许模拟片断的原子自由运动，这样，结果会更合理。

对于你的问题，只需要做一个分子叠加就可以了。比如，可以选 ...

截取优化是老师要求的，老师的意思是原蛋白已知部分足够合理，不合理的部分在于modeller修补部分，所以截取优化后回补。所以我留下限制100，101，116，117残基固定做优化。
我做过坐标平移的叠加，可是坐标重合的不够好，叠加后的结构失败了。
老师出差几天现在回了，提醒我做坐标平移和旋转，我正在学。
谢谢帮忙。
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3楼2013-08-20 22:33:31
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