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蛋白一部分pdb做完优化后的回补
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| 本人namd新手，论坛新虫。前日子做一个蛋白的模拟，由于蛋白有残基缺失，先用modeller对缺失部分做了预测，得到缺失部分结构后用将预测部分截取下来用namd做了优化，在优化的最后一步得到了1010frame的dcd文件等，然后将每个frame存成了pdb。本人希望将的到的pdb与原缺残基的蛋白pdb拼接到一起形成完整蛋白pdb。但本人发现优化模拟后得到的pdb中原子坐标与原蛋白已相差较大，无法复制粘贴回补（本人蛋白缺失102－115的残基，modeller预测修补后本人截取了100－117的残基做了模拟，模拟后得到的pdb中100，101，116，117号残基的坐标和原来的坐标相差很多）。本人不清楚是优化后提取pdb的方法有误还是什么。希望各位大侠给个指导如何将优化后的结构拼接回去。谢谢了。 |
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