应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 蛋白PDB数据中间的10个残基没有数据，有什么软件能加上吗？
81/1返回列表
查看: 1223  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

caozx

银虫 (小有名气)

[求助] 蛋白PDB数据中间的10个残基没有数据，有什么软件能加上吗？

各位大牛：
       一88个残基的蛋白，但PDB数据库里中间18-31这14个残基没有坐标，有什么软件能加上吗？
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

amber 酶的资料

» 猜你喜欢
1楼 2012-11-07 20:35:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-11-08 11:57:12
vmd, 就可以，关键是你需要知道你能否正确的添加
没有坐标是什么意思？
你从PDB 库里下载下来就没有吗？
还是你在处理的过程中把坐标弄没了
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

caozx
2楼2012-11-08 08:13:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yyuan8658

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-11-08 11:57:29
用swiss-model等同源模建的方法加吧，
顺便回答二楼，有些蛋白在解析晶体结构的时候会有部分残基无法解析出来，导致缺失坐标。
赞一下(1人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

caozx
3楼2012-11-08 11:04:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-11-08 14:32:03
caozx: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2012-11-09 10:06:18
柔性过大的地方没发确定结构 往往缺失 可以用软件补回来 ds可以 但是加完之后要好好跑动力学 把构象跑稳再用
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

caozx
4楼2012-11-08 13:53:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
3楼: Originally posted by yyuan8658 at 2012-11-08 11:04:20
用swiss-model等同源模建的方法加吧，
顺便回答二楼，有些蛋白在解析晶体结构的时候会有部分残基无法解析出来，导致缺失坐标。

thanks a lot
不懂这方面的内容，多谢指教
赞一下 回复此楼
5楼2012-11-08 14:33:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

caozx

银虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by yyuan8658 at 2012-11-08 11:04:20
用swiss-model等同源模建的方法加吧，
顺便回答二楼，有些蛋白在解析晶体结构的时候会有部分残基无法解析出来，导致缺失坐标。

没有可参考的结构用于同源建模。
这部分残基柔性太大，结构没解出来。
赞一下 回复此楼
6楼2012-11-09 10:05:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

caozx

银虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by yaozhq at 2012-11-08 13:53:39
柔性过大的地方没发确定结构 往往缺失 可以用软件补回来 ds可以 但是加完之后要好好跑动力学 把构象跑稳再用

能更详细一点的说明吗？
DS是什么软件，没用过。
如果方便，能帮我加下吗？
赞一下 回复此楼
7楼2012-11-09 10:06:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

caozx

银虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-11-08 08:13:28
vmd, 就可以，关键是你需要知道你能否正确的添加
没有坐标是什么意思？
你从PDB 库里下载下来就没有吗？
还是你在处理的过程中把坐标弄没了

不需要非常正确的添加，先把坐标加上，再通过动力学调整。
赞一下 回复此楼
8楼2012-11-09 10:06:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 caozx 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭