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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 蛋白PDB数据中间的10个残基没有数据，有什么软件能加上吗？
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caozx

银虫 (小有名气)

[求助] 蛋白PDB数据中间的10个残基没有数据，有什么软件能加上吗？

各位大牛：
       一88个残基的蛋白，但PDB数据库里中间18-31这14个残基没有坐标，有什么软件能加上吗？
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1楼 2012-11-07 20:35:00
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-11-08 11:57:12
vmd, 就可以，关键是你需要知道你能否正确的添加
没有坐标是什么意思？
你从PDB 库里下载下来就没有吗？
还是你在处理的过程中把坐标弄没了
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caozx
2楼2012-11-08 08:13:28
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yyuan8658

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-11-08 11:57:29
用swiss-model等同源模建的方法加吧，
顺便回答二楼，有些蛋白在解析晶体结构的时候会有部分残基无法解析出来，导致缺失坐标。
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

caozx
3楼2012-11-08 11:04:20
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yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-11-08 14:32:03
caozx: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2012-11-09 10:06:18
柔性过大的地方没发确定结构 往往缺失 可以用软件补回来 ds可以 但是加完之后要好好跑动力学 把构象跑稳再用
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

caozx
4楼2012-11-08 13:53:39
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
3楼: Originally posted by yyuan8658 at 2012-11-08 11:04:20
用swiss-model等同源模建的方法加吧，
顺便回答二楼，有些蛋白在解析晶体结构的时候会有部分残基无法解析出来，导致缺失坐标。

thanks a lot
不懂这方面的内容，多谢指教
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5楼2012-11-08 14:33:10
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caozx

银虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by yyuan8658 at 2012-11-08 11:04:20
用swiss-model等同源模建的方法加吧，
顺便回答二楼，有些蛋白在解析晶体结构的时候会有部分残基无法解析出来，导致缺失坐标。

没有可参考的结构用于同源建模。
这部分残基柔性太大，结构没解出来。
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6楼2012-11-09 10:05:14
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caozx

银虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by yaozhq at 2012-11-08 13:53:39
柔性过大的地方没发确定结构 往往缺失 可以用软件补回来 ds可以 但是加完之后要好好跑动力学 把构象跑稳再用

能更详细一点的说明吗？
DS是什么软件，没用过。
如果方便，能帮我加下吗？
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7楼2012-11-09 10:06:03
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caozx

银虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-11-08 08:13:28
vmd, 就可以，关键是你需要知道你能否正确的添加
没有坐标是什么意思？
你从PDB 库里下载下来就没有吗？
还是你在处理的过程中把坐标弄没了

不需要非常正确的添加，先把坐标加上，再通过动力学调整。
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8楼2012-11-09 10:06:56
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