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caozx

银虫 (小有名气)

[求助] 蛋白PDB数据中间的10个残基没有数据,有什么软件能加上吗?

各位大牛:
       一88个残基的蛋白,但PDB数据库里中间18-31这14个残基没有坐标,有什么软件能加上吗?
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caozx

银虫 (小有名气)

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引用回帖:
4楼: Originally posted by yaozhq at 2012-11-08 13:53:39
柔性过大的地方没发确定结构 往往缺失 可以用软件补回来 ds可以 但是加完之后要好好跑动力学 把构象跑稳再用

能更详细一点的说明吗?
DS是什么软件,没用过。
如果方便,能帮我加下吗?
7楼2012-11-09 10:06:03
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查看全部 8 个回答

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-11-08 11:57:12
vmd, 就可以,关键是你需要知道你能否正确的添加
没有坐标是什么意思?
你从PDB 库里下载下来就没有吗?
还是你在处理的过程中把坐标弄没了

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2012-11-08 08:13:28
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yyuan8658

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-11-08 11:57:29
用swiss-model等同源模建的方法加吧,
顺便回答二楼,有些蛋白在解析晶体结构的时候会有部分残基无法解析出来,导致缺失坐标。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

3楼2012-11-08 11:04:20
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yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-11-08 14:32:03
caozx: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2012-11-09 10:06:18
柔性过大的地方没发确定结构 往往缺失 可以用软件补回来 ds可以 但是加完之后要好好跑动力学 把构象跑稳再用

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

4楼2012-11-08 13:53:39
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