应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » PRODRG提示mol文件格式无效，应该是什么样的
51/1返回列表
查看: 973  |  回复: 3
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

hongyexi

木虫 (正式写手)

[求助] PRODRG提示mol文件格式无效，应该是什么样的

根据《CTAC计算过程总结》用gaussian做的，然后“将CTACnbo.mol中的内容粘贴至The Dundee PRODRG Server”，下面是错误提示，请帮忙看看，谢谢。



PRODRG> Starting up PRODRG version AA081006.0504
PRODRG> Parameter set 'pd/gromos96' (fftype=2).
PRODRG> MOL mode detected.
PRODRG> Invalid file format.
ERRDRG> Problems reading Molfile.
PRODRG> Program terminated unsuccessfully, sorry!

下面是我做的CTACnbo.mol
62 60  0  0  0  0  0  0  0  0  0    0
  -12.0046   -0.3119    0.0010 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -12.0546   -0.9602   -0.8827 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -12.0545   -0.9575    0.8865 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -12.8992    0.3215    0.0001 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -10.7228    0.5274   -0.0004 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -10.7180    1.1903    0.8766 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -10.7182    1.1878   -0.8794 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -9.4441   -0.3204    0.0006 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -9.4495   -0.9844   -0.8769 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -9.4493   -0.9820    0.8799 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -8.1550    0.5111   -0.0007 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -8.1504    1.1748    0.8769 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -8.1506    1.1724   -0.8800 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -6.8773   -0.3382    0.0003 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -6.8821   -1.0019   -0.8772 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -6.8820   -0.9997    0.8795 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -5.5872    0.4923   -0.0008 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -5.5819    1.1560    0.8767 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -5.5820    1.1537   -0.8801 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -4.3107   -0.3587    0.0003 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -4.3165   -1.0224   -0.8772 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -4.3165   -1.0202    0.8795 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -3.0193    0.4697   -0.0008 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -3.0129    1.1333    0.8767 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -3.0128    1.1309   -0.8801 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -1.7445   -0.3839    0.0004 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -1.7517   -1.0477   -0.8770 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -1.7517   -1.0453    0.8797 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -0.4512    0.4415   -0.0007 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -0.4431    1.1052    0.8768 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -0.4430    1.1026   -0.8801 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    0.8213   -0.4156    0.0006 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    0.8122   -1.0796   -0.8767 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    0.8122   -1.0768    0.8800 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    2.1171    0.4059   -0.0007 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    2.1275    1.0697    0.8767 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    2.1274    1.0668   -0.8803 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    3.3865   -0.4558    0.0007 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    3.3752   -1.1198   -0.8764 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    3.3755   -1.1165    0.8803 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    4.6851    0.3613   -0.0011 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    4.6966    1.0258    0.8759 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    4.6964    1.0223   -0.8808 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    5.9523   -0.5042    0.0004 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    5.9393   -1.1647   -0.8774 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    5.9403   -1.1604    0.8815 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    7.2384    0.3460   -0.0025 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    7.2310    1.0069    0.8753 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    7.2305    1.0015   -0.8842 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    8.7717   -1.1398   -1.2057 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    9.8163   -1.4723   -1.2118 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    8.1345   -2.0385   -1.3052 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    8.6120   -0.5108   -2.0886 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   11.0994    2.2306   -0.0013 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   11.4778    2.6287    0.9330 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   10.3340    1.4607   -0.0011 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   11.4941    2.6129   -0.9354 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    8.7731   -1.1308    1.2100 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    9.8177   -1.4630    1.2177 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    8.6140   -0.4953    2.0884 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    8.1361   -2.0289    1.3167 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    8.5215   -0.3621   -0.0006 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  1  2  1  0  0  0  0
  1  3  1  0  0  0  0
  1  4  1  0  0  0  0
  1  5  1  0  0  0  0
  5  6  1  0  0  0  0
  5  7  1  0  0  0  0
  5  8  1  0  0  0  0
  8  9  1  0  0  0  0
  8 10  1  0  0  0  0
  8 11  1  0  0  0  0
11 12  1  0  0  0  0
11 13  1  0  0  0  0
11 14  1  0  0  0  0
14 15  1  0  0  0  0
14 16  1  0  0  0  0
14 17  1  0  0  0  0
17 18  1  0  0  0  0
17 19  1  0  0  0  0
17 20  1  0  0  0  0
20 21  1  0  0  0  0
20 22  1  0  0  0  0
20 23  1  0  0  0  0
23 24  1  0  0  0  0
23 25  1  0  0  0  0
23 26  1  0  0  0  0
26 27  1  0  0  0  0
26 28  1  0  0  0  0
26 29  1  0  0  0  0
29 30  1  0  0  0  0
29 31  1  0  0  0  0
29 32  1  0  0  0  0
32 33  1  0  0  0  0
32 34  1  0  0  0  0
32 35  1  0  0  0  0
35 36  1  0  0  0  0
35 37  1  0  0  0  0
35 38  1  0  0  0  0
38 39  1  0  0  0  0
38 40  1  0  0  0  0
38 41  1  0  0  0  0
41 42  1  0  0  0  0
41 43  1  0  0  0  0
41 44  1  0  0  0  0
44 45  1  0  0  0  0
44 46  1  0  0  0  0
44 47  1  0  0  0  0
47 48  1  0  0  0  0
47 49  1  0  0  0  0
47 62  1  0  0  0  0
50 51  1  0  0  0  0
50 52  1  0  0  0  0
50 53  1  0  0  0  0
50 62  1  0  0  0  0
54 55  1  0  0  0  0
54 56  1  0  0  0  0
54 57  1  0  0  0  0
58 59  1  0  0  0  0
58 60  1  0  0  0  0
58 61  1  0  0  0  0
58 62  1  0  0  0  0
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-08-17 02:09:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hongyexi

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by dubo at 2013-08-17 10:27:15
你可以用高斯导出其他的格式试试比如*.pdb等等

我是根据《CTAC计算过程总结》这个例子做的，例子上这么说，我就这么做，为此还特意学了一点点高斯去算，结果到这里算不下去了。
我也在想为什么不能用GaussView直接得到pdb文件，然后用gromacs直接算。
赞一下 回复此楼
3楼2013-08-17 16:38:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 4 个回答

dubo

金虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
hongyexi: 金币+2, ★有帮助, 谢谢，我想按照例子做一遍，结果不通…… 2013-08-17 16:39:07
你可以用高斯导出其他的格式试试比如*.pdb等等
赞一下 回复此楼
2楼2013-08-17 10:27:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dubo

金虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
hongyexi: 金币+8, ★★★★★最佳答案, 原来是这样的，top文件gromacs得不到啊 2013-08-17 21:00:03
引用回帖:
3楼: Originally posted by hongyexi at 2013-08-17 16:38:12
我是根据《CTAC计算过程总结》这个例子做的，例子上这么说，我就这么做，为此还特意学了一点点高斯去算，结果到这里算不下去了。
我也在想为什么不能用GaussView直接得到pdb文件，然后用gromacs直接算。...

GaussView直接得到pdb文件，gromacs也可以用。
但是gromacs还需要TOP文件,这个就可以借助PRODRUG得到
赞一下 回复此楼
4楼2013-08-17 19:38:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 4 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭