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nanhaibing

铜虫 (初入文坛)

[求助] 令我崩溃的TA克隆,老是连不上

我用康为世纪2*ES taq酶PCR出来约2000bp的条带,用康为世纪的胶回收试剂盒回收,回收条带电泳显示比最亮的Marker带还亮。与Takara PMD 18-T连接,按说明书推荐的程序连接。也做过12h 16℃的连接。然后进行蓝白斑筛选。500bp阳性对照平板:白斑数量非常多,有少量蓝斑。阴性对照(只加载体):全是蓝斑。实验组:每次都有蓝斑和白斑,白斑数量10个以内,蓝斑数量比白斑多。将白斑全部挑取做菌落PCR和提质粒,全部是空载。曾经挑白斑测序两次,均显示是空载。
曾经的怀疑与验证:
1、连接体系及感受态的问题    连接时间做过16℃8h、12h,4℃ 12h的,载体与目的片段的比例做过1:3、1:6的。每次实验组均失败,显示空载。而阳性对照却没有问题。换用同学的康为世纪PUC 18载体做,实验组也失败,阳性对照正常。感受态为自己做的DH 5α,阳性对照做的没有问题。
2、PCR产物未加A    直接用PCR产物连接,转化后挑白斑。挑30个白斑,只有一个显示可能为连上,现正在测序。
  现在的问题:
  1、为什么胶回收后连接,白斑是空载,连上了什么?Takara 技术支持说,连上了小片段。我想小片段从哪儿来的呢?也不至于全连上了小片段吧。
   2、是否可能是PCR产物有问题?我想即使p出来的不是我要的目的片段,那也不至于连不上吧?pcr产物会有什么问题呢?

问了很多的人,他们都说TA克隆很容易啊,怎么会连不上呢?我就是连不上,没人给个为什么?我已经反反复复的做了4个月了。还是不知道是为什么?觉得很生气也有点搞笑。。。。。真的无语了。烦请高手赐教,我不惜送上我所有的金币。
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墨与成长

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
10楼: Originally posted by changes at 2013-08-13 12:12:51
因为你的目的片段约2000bp,载体大小月2700bp。T/A克隆的效率应该不是很高,另外你提到回收的条带非常亮比marker的浓度都高,要注意减少片段的量了,可能1:6的比例不是很合适,目的片段浓度高了,影响连接的效率。
...

若是条带较长为4600,会导致连接效率降低吗。最近在做TA克隆总是连不上,短片段没问题,长一点的就一直连不上去,一直是一些短片段,虽然也是我的目的片段,但是不完整是什么原因呢
34楼2018-10-11 18:53:18
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