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gromacs编译安装 已有8人参与
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gromacs是一款优秀的分子动力学模拟软件，版本已更新至4.6.3 。版本的更新无疑会带来效率的提升，然而，新版本对系统和编译器都有着更高的要求。对于一台运行已久的老服务器，没有权限的情况下基本不可能更新系统和编译器，这时候就需要另外安装较新版本的编译器来编译安装gromacs，Intel就是一个很好的选择。下面我就自己多次的编译安装经验，叙述一下gromacs的安装过程和注意事项。 系统现状： 系统版本：Red Hat Enterprise Linux WS release 4 内核版本：Linux-2.6.9-42-X86_64 编译器：gcc-3.4.6 和 gcc-4.1.0 步骤 1. 安装新的编译器： l_ccompxe_2013.3.163 （可到Intel官网申请免费版） 安装很简单，按要求选即可，licence在申请后回复的邮件里。记得安装完后导入相关环境变量：source /安装目录/bin/compilervars.sh intel64 2. 安装并行软件包：openmpi-1.6.4 (我试了1.6.5的，在我的服务器上不好用，出现这种情况建议大家换几个版本试试） 安装前务必导入环境变量CC和CXX来指定Intel编译器：export CC=icc，export CXX=icpc，然后coufigure，make， make install。 3. 编译安装gromacs-4.6.3 安装前务必导入环境变量CC和CXX来指定Intel编译器：export CC=icc，export CXX=icpc。由于Intel的数学库函数不全，gromacs编译过程中会用到gcc数学库中的函数，用LDFLAGS环境变量来指定：export LDFLAGS=“-limf -lm”，编译过程中Intel编译器会报warning #10315: specifying -lm before files may supercede the Intel(R) math library and affect performance，不过是说用了其他库会降低效率，可以忽略。编译安装用下面三个命令： cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DGMX_MPI=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/安装路径/gromacs-4.6.3 make make install 注意：使用-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON选项时，编译过程中会联网下载fftw，所以要保证电脑能连接到网络，如果使用的服务器无法连接外网，需要自己先安装fftw，然后再安装gromacs。 以上是对多次安装经历的简单总结，可能你在安装中会遇到各种不同的问题，欢迎一起交流解决。 |
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export MPICCDIR=/home/dzy_gros/lammpi/bin export CXX=mpic++ export CC=mpicc export FFTW_LOCATION=/home/dzy_gros/fftw tar -zxvf gromacs-5.0.3.tar.gz mkdir /home/dzy_gros/gromacs cd /home/dzy_gros/gromacs cmake ../gromacs-5.0.3/ \-DFFTW_INCLUDE_DIR=$FFTW_LOCATION/include \-DFFTW_LIBRARIES=$FFTW_LOCATION/lib/libfftw3f.a \-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$(pwd) \-DGMX_X11=OFF \-DCMAKE_CXX_COMPILER=$MPICCDIR/mpic++ \-DCMAKE_C_COMPILER=$MPICCDIR/mpicc \-DGMX_MPI=ON \-DGMX_PREFER_STATIC_LIBS=ON make make install 这样编译，报错： Could not find fftw3f library named libfftw3f, please specify its location in CMAKE_PREFIX_PATH or FFTWF_LIBRARY by hand (e.g. -DFFTWF_LIBRARY='/path/to/libfftw3f.so') CMake Error at cmake/gmxManageFFTLibraries.cmake:76 (MESSAGE): Cannot find FFTW 3 (with correct precision - libfftw3f for mixed-precision GROMACS or libfftw3 for double-precision GROMACS). Either choose the right precision, choose another FFT(W) library (-DGMX_FFT_LIBRARY), enable the advanced option to let GROMACS build FFTW 3 for you (-GMX_BUILD_OWN_FFTW=ON), or use the really slow GROMACS built-in fftpack library (-DGMX_FFT_LIBRARY=fftpack). Call Stack (most recent call first): CMakeLists.txt:738 (include) 怎么解决 |
11楼2015-05-05 22:01:57
lisuperyao
铁杆木虫 (职业作家)
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2楼2013-08-08 20:33:44
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