| 查看: 2580 | 回复: 13 | ||
| 【奖励】 本帖被评价11次，作者zhidao_bu增加金币 8.6 个 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
[资源]
计算pocket大小和pocket中有多少水分子的VMD插件
|
||
|
大家好， 蛋白质存在很多结构域，结构域往往有很多口袋，很多同僚想测蛋白质口袋的大小和口袋的水分子的数目，这里提供一个网上的脚本，不知道为什么官方网站下载不了，我提供一份仅供大家研究, 并简单介绍使用方法： 1.首先介绍一下原理，通俗的讲，想测量一个孔道或者蛋白口袋的大小，首先要找到一个测量模型，比如hole program的原理就是采用一个固定半径的小球，通过蒙特卡洛算法来遍历孔道。同样Pocket detector (Pck)也是这个原理，官方网站介绍了几种模型：Van der Waals model (VdW)，Accessible Surface (SA)，Molecular Surface (MS)，The dual shape，a polyedral model，Alpha-shapes，Dual shape。Pck比较突出的是采用了dual shape模型，如图： SA  VDW  dual shape   详情，参考：http://schwarz.benjamin.free.fr/Work/Pck/theory.htm 2。安装步骤： 1） 解压pck-2.0.3.zip,有两个目录: pck2.0 和stoop 2）找到VMD的安装目录，并且找到vmd.rc这个文件, 添加下面的代码到vmd.rc的文件尾部： 说明：set pkgdir [file join "C:/Program Files" "University of Illinois" "VMD" "scripts" "pck"] 是说明你把解压后的文件的文件目录，记住是根目录，也就是包含两个文件夹的目录，记住里面是用引号，而不是斜杠了 3)然后就 "Extensions"->"Analysis"->"Pocket package", 如图：  不知道为啥一直连不上服务器，估计过一段时间就好了。 同时在介绍几个软件和网址: http://sourceforge.net/projects/fpocket/files/?source=navbar http://www.modelling.leeds.ac.uk/pocketfinder/ http://bioserv.rpbs.univ-paris-diderot.fr/fpocket/ 引用用过这个软件的文献：http://www.plosone.org/article/i ... ournal.pone.0068138 在不好算，提供一个Pck命令行的软件. chmod +x 文件，就可以直接使用[ Last edited by zhidao_bu on 2013-7-31 at 16:04 ] |
回复此楼» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : pck-2.0.6-win.rar
- 附件 2 : pck-2.0-32.rar
- 附件 3 : pck-64.rar
- 附件 4 : refer.pdf
- 附件 5 : pck2_manual.pdf
- 附件 6 : pck-2.0.3.zip
2013-07-31 15:53:12, 189.28 K
2013-07-31 15:53:37, 247.13 K
2013-07-31 15:53:44, 243.39 K
2013-07-31 15:54:16, 2.18 M
2013-07-31 15:57:30, 99.82 K
2013-07-31 15:59:18, 53.55 K
» 猜你喜欢
085601 329分调剂
已经有3人回复
-
本2一志愿C9-333分，材料科学与工程，求调剂
已经有3人回复
-
一志愿大连理工大学材料求调剂
已经有5人回复
-
材料与化工调剂一志愿大连海事085600，349
已经有6人回复
-
一志愿中海洋320化学工程与技术学硕求调剂
已经有4人回复
-
材料科学与工程调剂
已经有11人回复
-
311求调剂一志愿合肥工业大学
已经有4人回复
-
一志愿食品科学与工程083200求调剂
已经有4人回复
-
材料科学与工程求调剂
已经有10人回复
-
一志愿北化085600材料专硕275|有文章专利｜求调剂
已经有11人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- VMD 统计某个分子周围水分子数目随时间的变化
已经有9人回复
7楼2014-08-11 20:56:25
2楼2013-08-03 13:55:34
5楼2014-01-23 22:12:19
9楼2016-01-19 13:36:45
简单回复
saabx3楼
2013-09-06 09:14
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
2014-01-12 09:06
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
2014-08-11 10:41
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
水儿CoCo8楼
2015-07-03 11:38
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
nuu198811楼
2018-05-21 08:54
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
zhangxsioc12楼
2018-08-31 20:31
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
xufund14楼
2019-01-29 06:39
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
