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计算pocket大小和pocket中有多少水分子的VMD插件
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大家好， 蛋白质存在很多结构域，结构域往往有很多口袋，很多同僚想测蛋白质口袋的大小和口袋的水分子的数目，这里提供一个网上的脚本，不知道为什么官方网站下载不了，我提供一份仅供大家研究, 并简单介绍使用方法： 1.首先介绍一下原理，通俗的讲，想测量一个孔道或者蛋白口袋的大小，首先要找到一个测量模型，比如hole program的原理就是采用一个固定半径的小球，通过蒙特卡洛算法来遍历孔道。同样Pocket detector (Pck)也是这个原理，官方网站介绍了几种模型：Van der Waals model (VdW)，Accessible Surface (SA)，Molecular Surface (MS)，The dual shape，a polyedral model，Alpha-shapes，Dual shape。Pck比较突出的是采用了dual shape模型，如图： SA  VDW  dual shape   详情，参考：http://schwarz.benjamin.free.fr/Work/Pck/theory.htm 2。安装步骤： 1） 解压pck-2.0.3.zip,有两个目录: pck2.0 和stoop 2）找到VMD的安装目录，并且找到vmd.rc这个文件, 添加下面的代码到vmd.rc的文件尾部： 说明：set pkgdir [file join "C:/Program Files" "University of Illinois" "VMD" "scripts" "pck"] 是说明你把解压后的文件的文件目录，记住是根目录，也就是包含两个文件夹的目录，记住里面是用引号，而不是斜杠了 3)然后就 "Extensions"->"Analysis"->"Pocket package", 如图：  不知道为啥一直连不上服务器，估计过一段时间就好了。 同时在介绍几个软件和网址: http://sourceforge.net/projects/fpocket/files/?source=navbar http://www.modelling.leeds.ac.uk/pocketfinder/ http://bioserv.rpbs.univ-paris-diderot.fr/fpocket/ 引用用过这个软件的文献：http://www.plosone.org/article/i ... ournal.pone.0068138 在不好算，提供一个Pck命令行的软件. chmod +x 文件，就可以直接使用[ Last edited by zhidao_bu on 2013-7-31 at 16:04 ] |
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