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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 资源 » 计算pocket大小和pocket中有多少水分子的VMD插件
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zhidao_bu

新虫 (初入文坛)

[资源] 计算pocket大小和pocket中有多少水分子的VMD插件

大家好，

蛋白质存在很多结构域，结构域往往有很多口袋，很多同僚想测蛋白质口袋的大小和口袋的水分子的数目，这里提供一个网上的脚本，不知道为什么官方网站下载不了，我提供一份仅供大家研究, 并简单介绍使用方法：

1.首先介绍一下原理，通俗的讲，想测量一个孔道或者蛋白口袋的大小，首先要找到一个测量模型，比如hole program的原理就是采用一个固定半径的小球，通过蒙特卡洛算法来遍历孔道。同样Pocket detector (Pck)也是这个原理，官方网站介绍了几种模型：Van der Waals model (VdW)，Accessible Surface (SA)，Molecular Surface (MS)，The dual shape，a polyedral model，Alpha-shapes，Dual shape。Pck比较突出的是采用了dual shape模型，如图：
SA
计算pocket大小和pocket中有多少水分子的VMD插件
VDW
计算pocket大小和pocket中有多少水分子的VMD插件-1
dual shape
计算pocket大小和pocket中有多少水分子的VMD插件-2
计算pocket大小和pocket中有多少水分子的VMD插件-3

详情，参考：http://schwarz.benjamin.free.fr/Work/Pck/theory.htm

2。安装步骤：
1） 解压pck-2.0.3.zip,有两个目录:
pck2.0 和stoop

2）找到VMD的安装目录，并且找到vmd.rc这个文件, 添加下面的代码到vmd.rc的文件尾部：
CODE:
source [file join $env(VMDDIR) "vmd.rc"]

# D directory where you placed the pck package
set pkgdir [file join "C:/Program Files" "University of Illinois" "VMD" "scripts" "pck"]
set env(PCK_HOME)  [file join $pkgdir pck2.0]
lappend auto_path $pkgdir

# integration in VMD menu
if { [catch {package require pck 2.0} msg] } {
    puts "VMD PCK package could not be loaded:\n$msg"
}
vmd_install_extension pck pckgui_tk  "Analysis/Pocket analysis"

说明：set pkgdir [file join "C:/Program Files" "University of Illinois" "VMD" "scripts" "pck"] 是说明你把解压后的文件的文件目录，记住是根目录，也就是包含两个文件夹的目录，记住里面是用引号，而不是斜杠了

3)然后就 "Extensions"->"Analysis"->"Pocket package", 如图：

计算pocket大小和pocket中有多少水分子的VMD插件-4

不知道为啥一直连不上服务器，估计过一段时间就好了。

同时在介绍几个软件和网址:
http://sourceforge.net/projects/fpocket/files/?source=navbar
http://www.modelling.leeds.ac.uk/pocketfinder/
http://bioserv.rpbs.univ-paris-diderot.fr/fpocket/

引用用过这个软件的文献：http://www.plosone.org/article/i ... ournal.pone.0068138
在不好算，提供一个Pck命令行的软件. chmod +x 文件，就可以直接使用[ Last edited by zhidao_bu on 2013-7-31 at 16:04 ]
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1楼2013-07-31 15:54:47
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jackyma

新虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

好人一生平安！

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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2楼2013-08-03 13:55:34
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yangming98

金虫 (著名写手)

★★★ 三星级,支持鼓励

好的

[ 发自小木虫客户端 ]
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5楼2014-01-23 22:12:19
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老曼7

铁杆木虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

这个，可比proshape好用，不过话说，我下载了proshape，到现在还不会用

[ 发自小木虫客户端 ]
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7楼2014-08-11 20:56:25
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lxc00001

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 水儿CoCo at 2015-07-03 11:38:13
顶一下，感谢分享！

想问一下，你这个插件能用了么，，？？我怎么总是运行不了呢
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9楼2016-01-19 13:36:45
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安然李

新虫 (初入文坛)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

楼主好人！安装运行了总是报错哇T.T请问这个是怎么计算水分子个数的哇？
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10楼2016-03-02 13:54:21
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peng660

新虫 (小有名气)
vmd第三方插件的安装实例，helpful！

发自小木虫Android客户端
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13楼2019-01-27 10:45:33
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saabx3楼
2013-09-06 09:14   回复  
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xupailang4楼
2014-01-12 09:06   回复  
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xinying70066楼
2014-08-11 10:41   回复  
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水儿CoCo8楼
2015-07-03 11:38   回复  
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nuu198811楼
2018-05-21 08:54   回复  
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zhangxsioc12楼
2018-08-31 20:31   回复  
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xufund14楼
2019-01-29 06:39   回复  
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