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qinxuming

新虫 (小有名气)

[交流] 用castep算分子必须把分子质心放在盒子中心吗？ 已有4人参与

因为castep只能计算周期性结构，所以当我算非周期的分子时，把一个分子放在一个大的盒子里面建立晶体。请问这时，我必须把这个分子的质心放在盒子的中心吗？如果不放在中心，对计算会有什么影响吗？本人刚刚接触castep，不是很熟悉，按理来说由于满足周期性条件，分子放在盒子的什么位置都一样，但是不敢确定，希望大家帮忙解答一下，多谢了！
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1楼 2013-07-28 15:50:47
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liqizuiyang

木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
分子本身的对称性就很高，比如说苯分子，把分子的几何中心放到(0,0,0)点或者(0.5,0.5,0.5)这样的特殊点上，体系可能会获得空间反演对称性。

如果是一般分子就无所谓了。
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2楼2013-07-28 19:42:15
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wangjl712

木虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
可以不的，你可以建立两个，然后把分子放在盒子不同位置，分别计算，看看计算结果是否一样就行了啊
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3楼2013-07-28 20:50:38
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emilyoyang

木虫 (正式写手)
★
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放到什么位置都一样
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4楼2013-07-28 20:53:26
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qinxuming

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by wangjl712 at 2013-07-28 20:50:38
可以不的，你可以建立两个，然后把分子放在盒子不同位置，分别计算，看看计算结果是否一样就行了啊

我试验了单点能，放在盒子不同的位置，在0.00001ev这一位开始出现差别。
谢谢！

[ Last edited by qinxuming on 2013-7-28 at 22:21 ]
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5楼2013-07-28 21:49:51
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qinxuming

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liqizuiyang at 2013-07-28 19:42:15
分子本身的对称性就很高，比如说苯分子，把分子的几何中心放到(0,0,0)点或者(0.5,0.5,0.5)这样的特殊点上，体系可能会获得空间反演对称性。

如果是一般分子就无所谓了。

你的意思是，如果使体系获得空间反演对称性，会使计算更快，但不会影响计算结果吧？
   我计算时采用了P1对称性，这样是不是就无所谓了？
   谢谢！
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6楼2013-07-28 21:59:48
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frank_zhan

金虫 (正式写手)
★
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不一定的，只要盒子的尺度可以足够消除image就可以了。因为盒子是周期性的，所以无论放在盒子的哪个地方，它的周期性都是一样的。
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frank_zhan,zy2zhan@gmail.com
7楼2013-07-29 14:06:46
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liqizuiyang

木虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by qinxuming at 2013-07-28 21:59:48
你的意思是，如果使体系获得空间反演对称性，会使计算更快，但不会影响计算结果吧？
   我计算时采用了P1对称性，这样是不是就无所谓了？
   谢谢！...

应该没影响。
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8楼2013-07-29 14:29:09
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qinxuming

新虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by frank_zhan at 2013-07-29 14:06:46
不一定的，只要盒子的尺度可以足够消除image就可以了。因为盒子是周期性的，所以无论放在盒子的哪个地方，它的周期性都是一样的。

谢谢！
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9楼2013-07-29 15:03:08
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