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qinxuming

新虫 (小有名气)

[交流] 用castep算分子必须把分子质心放在盒子中心吗? 已有4人参与

因为castep只能计算周期性结构,所以当我算非周期的分子时,把一个分子放在一个大的盒子里面建立晶体。请问这时,我必须把这个分子的质心放在盒子的中心吗?如果不放在中心,对计算会有什么影响吗?本人刚刚接触castep,不是很熟悉,按理来说由于满足周期性条件,分子放在盒子的什么位置都一样,但是不敢确定,希望大家帮忙解答一下,多谢了!
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liqizuiyang

木虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
分子本身的对称性就很高,比如说苯分子,把分子的几何中心放到(0,0,0)点或者(0.5,0.5,0.5)这样的特殊点上,体系可能会获得空间反演对称性。

如果是一般分子就无所谓了。
2楼2013-07-28 19:42:15
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wangjl712

木虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
可以不的,你可以建立两个,然后把分子放在盒子不同位置,分别计算,看看计算结果是否一样就行了啊
3楼2013-07-28 20:50:38
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emilyoyang

木虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
放到什么位置都一样
4楼2013-07-28 20:53:26
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qinxuming

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by wangjl712 at 2013-07-28 20:50:38
可以不的,你可以建立两个,然后把分子放在盒子不同位置,分别计算,看看计算结果是否一样就行了啊

我试验了单点能,放在盒子不同的位置,在0.00001ev这一位开始出现差别。
谢谢!

[ Last edited by qinxuming on 2013-7-28 at 22:21 ]
5楼2013-07-28 21:49:51
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qinxuming

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by liqizuiyang at 2013-07-28 19:42:15
分子本身的对称性就很高,比如说苯分子,把分子的几何中心放到(0,0,0)点或者(0.5,0.5,0.5)这样的特殊点上,体系可能会获得空间反演对称性。

如果是一般分子就无所谓了。

你的意思是,如果使体系获得空间反演对称性,会使计算更快,但不会影响计算结果吧?
   我计算时采用了P1对称性,这样是不是就无所谓了?
   谢谢!
6楼2013-07-28 21:59:48
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frank_zhan

金虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
不一定的,只要盒子的尺度可以足够消除image就可以了。因为盒子是周期性的,所以无论放在盒子的哪个地方,它的周期性都是一样的。
frank_zhan,zy2zhan@gmail.com
7楼2013-07-29 14:06:46
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liqizuiyang

木虫 (著名写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by qinxuming at 2013-07-28 21:59:48
你的意思是,如果使体系获得空间反演对称性,会使计算更快,但不会影响计算结果吧?
   我计算时采用了P1对称性,这样是不是就无所谓了?
   谢谢!...

应该没影响。
8楼2013-07-29 14:29:09
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qinxuming

新虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by frank_zhan at 2013-07-29 14:06:46
不一定的,只要盒子的尺度可以足够消除image就可以了。因为盒子是周期性的,所以无论放在盒子的哪个地方,它的周期性都是一样的。

谢谢!
9楼2013-07-29 15:03:08
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