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请问gamess如何做分子或晶体缺陷的频率计算（振动分析）
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| 知道这个问题比较大，但希望热心的虫友们略微指点一二，不甚感激！ |
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送红花一朵 5楼2013-10-15 12:57:06
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
伽罗佤: 金币+15, ★★★很有帮助 2013-10-14 20:06:07
伽罗佤: 金币+15, ★★★很有帮助 2013-10-14 20:06:07
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$contrl scftyp=rhf runtyp=hessian mplevl=2 $end $contrl ispher=1 icharg=0 $end $basis gbasis=acct $end $SCF DIIS=.T. SOSCF=.F. DIRSCF=.T. FDIFF=.F. NPUNCH=1 $END $system mwords=2000 memddi=20000 $end $data Title: CF3H C1 C 6.0 0.0000000003 0.0000004598 0.3400540053 H 1.0 -0.0000000001 0.0000000519 1.4256251686 F 9.0 -0.0000000004 1.2513342310 -0.1282022331 F 9.0 -1.0836865140 -0.6256678710 -0.1282024703 F 9.0 1.0836865143 -0.6256678717 -0.1282024704 $end 一个例子。 |
2楼2013-10-14 17:01:26
3楼2013-10-14 20:04:49
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FREQUENCIES IN CM**-1, IR INTENSITIES IN DEBYE**2/AMU-ANGSTROM**2, REDUCED MASSES IN AMU. 1 2 3 4 5 FREQUENCY: 4.37 4.04 1.34 0.14 0.72 SYMMETRY: A A A A A REDUCED MASS: 12.84737 11.80408 13.59424 13.98000 12.34755 IR INTENSITY: 0.04138 0.05424 0.01456 0.00010 0.00172 1 C X -0.02881784 0.00001063 0.06411300 -0.00016099 -0.00133521 Y -0.00000181 -0.03036473 0.00012450 -0.00590945 0.12671828 Z -0.00001892 -0.00422795 -0.00002886 0.11935559 0.00455212 2 H X -0.16214076 -0.00006507 0.14317033 -0.00015037 -0.00134836 Y 0.00006299 -0.18301398 0.00012541 -0.01235102 0.15382532 Z -0.00001893 -0.00422821 -0.00002886 0.11935422 0.00455189 3 F X -0.03669169 0.00004857 -0.07612483 -0.00027647 -0.00174627 Y -0.00002976 0.03547148 0.00012410 -0.00313177 0.11502216 Z -0.00009362 0.17171786 -0.00002991 0.12678239 -0.02670064 4 F X 0.06138046 0.00003521 0.08308093 -0.00011131 -0.00112040 Y -0.05666265 0.03548683 -0.09179071 -0.00322715 0.11466072 Z -0.13306212 -0.09227469 0.07888851 0.11565827 0.02016246 5 F X 0.06138047 0.00004607 0.08308092 -0.00010892 -0.00112185 Y 0.05660316 0.03547765 0.09203894 -0.00303504 0.11538262 Z 0.13309898 -0.09212357 -0.07894520 0.11563707 0.02018864 TRANS. SAYVETZ X 1.12595443 0.00252878 2.62420580 -0.01151988 -0.09315707 Y -0.00165397 1.47329007 0.00869403 -0.26183114 8.23134093 Z -0.00132456 -0.29590405 -0.00202070 8.35545917 0.31854980 TOTAL 1.12595642 1.50271396 2.62422098 8.35956854 8.23802924 ROT. SAYVETZ X -0.00552200 13.00628415 -0.00007704 0.54874389 -2.31013960 Y-11.35954815 -0.00644975 6.73619430 0.00090488 -0.00111833 Z 8.81265520 -0.00071367 14.30446400 0.01494802 0.05617098 TOTAL 14.37714354 13.00628577 15.81119869 0.54894819 2.31082266 用这个语句可以算频率，再算出来的 out 文件中搜“FREQUENCIES”就可以找到如上的结果（当然只是一部分），也可以用 wxMacMolPlt 直接查看 out 文件就和 gaussview 查看 log 文件的频率一样。 至于“缺陷能级计算”，我没做过，所以不清楚。你可以查看手册看是否可以。 |
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4楼2013-10-15 09:15:05
