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Nibelungen

新虫 (初入文坛)

[求助] 如何在GAMESS输入文件中指定某个原子带电？

计算一个铜离子和一个蛋白质结合后的能量，其中铜离子为+2价，请问要如何在GAMESS的输入文件中指定这种带电的特性？
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1楼 2012-07-03 01:50:58
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beefly

专家顾问 (职业作家)

地沟油冶炼专家
★ ★ ★
gmy1990: 金币+3 2012-07-03 13:10:43
1，正确方法：由计算结果决定。在保证物理正确的前提下，可以做一些设置来获得所需的价态。

2，强行设置Cu++。在$DATA部分使用下面的输入

...（其它原子的坐标和基组）

Cu  -27.00    (x, y, z坐标)
（Cu的基组。不要用基组名称，因为程序不知道27个负电荷代表什么元素）

pcharge  29.00    (同样的x, y, z坐标)

这样就定义了x,y,z位置有29个正电荷和27个电子，其中电子用Cu的某种基组来描述。不过这个计算没有什么物理意义。
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beefly《西太平洋大学现代英汉词典》[bi:fli]牛肉一般地
2楼2012-07-03 11:28:01
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Nibelungen

新虫 (初入文坛)
谢谢！

不过在楼上的回答中我还有两处不太明白：

1. “由计算结果决定”的意思是这样的么：即使不在GAMESS的输入文件中指定某个离子的价态，程序也能根据计算的过程中也能算出此离子应有的价态？

2. 我在GAMESS的输入参数中看到在contrl group里有ICHARG这个参数，是否可以通过设置这一参数达到“在保证物理正确的前提下，可以做一些设置来获得所需的价态”这一目标？

我是CS出身的，对于量化所需的化学和物理知识虽然也在学，但是感觉距离初步理解量化还有好长的路要走，问的问题也许很肤浅，见笑了~
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3楼2012-07-03 22:34:37
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ldzh0531

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
Nibelungen: 金币+7, ★★★很有帮助 2012-07-06 15:00:37
分碎片优化，分别指定电荷和多重度。（本人没这样做过，仅供参考）
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4楼2012-07-04 21:37:26
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beefly

专家顾问 (职业作家)

地沟油冶炼专家
引用回帖:
3楼: Originally posted by Nibelungen at 2012-07-03 22:34:37
谢谢！

不过在楼上的回答中我还有两处不太明白：

1. “由计算结果决定”的意思是这样的么：即使不在GAMESS的输入文件中指定某个离子的价态，程序也能根据计算的过程中也能算出此离子应有的价态？

2. 我在G ...

1，是

2，ICHARG是蛋白质+Cu的总电荷。Cu的电荷未必等于ICHARG
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beefly《西太平洋大学现代英汉词典》[bi:fli]牛肉一般地
5楼2012-07-05 01:18:38
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beefly

专家顾问 (职业作家)

地沟油冶炼专家
引用回帖:
4楼: Originally posted by ldzh0531 at 2012-07-04 21:37:26
分碎片优化，分别指定电荷和多重度。（本人没这样做过，仅供参考）

FMO方法都是这么做的，最典型的就是ADF程序。但是这只是提供一个参照系，整个体系中Cu的电荷几乎不受分子片电荷的影响。
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beefly《西太平洋大学现代英汉词典》[bi:fli]牛肉一般地
6楼2012-07-05 01:20:44
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liuhuisfp

金虫 (小有名气)
★ ★
gmy1990: 金币+2 2012-07-15 20:22:14
引用回帖:
4楼: Originally posted by ldzh0531 at 2012-07-04 21:37:26
分碎片优化，分别指定电荷和多重度。（本人没这样做过，仅供参考）

进行LMOEDA能量分解的时候可以设定
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7楼2012-07-15 20:02:46
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童生

银虫 (小有名气)
可以用LMOEDA算，语句如下（其中n1是蛋白质的原子数）：
$LMOEDA matom(1)=1 n1 mcharg(1)=2 0 mmult(1)=2 1 supbas=.t. $end
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ANYONEWHOISNOTSHOCKEDBYQUANTUMTHEORYHASNOTUNDERSTOODIT.--NIELSBOHR(1885-1962)
8楼2013-07-26 16:21:41
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