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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 提取的RNA样本，经过DNA酶处理，但总是处理不干净
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达菲鸭

新虫 (初入文坛)

[求助] 提取的RNA样本，经过DNA酶处理，但总是处理不干净

我们用qiagen的试剂盒提取了弧菌的RNA，然后用fermentas的cDNA试剂盒里面的DNA酶和buffer来去除gDNA。但是处理后的RNA经PCR检测竟然还是P出了目的产物，这会影响后面的qPCR。

我们以前做过几次，没有遇到这个问题啊，以前都是P不出来的。

可能是RNA的样品中的杂质影响了dna酶的工作么？因为我们后来换了一家的国产的试剂盒同样没有处理干净。这一次提的RNA，有几管的260/280,260/230都在2.1在2.1左右，应该还比较纯吧，但也还是除不干净DNA。

有没有谁知道是什么原因吗？求赐教，十分感谢！
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1楼 2013-07-21 13:10:30
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)
引用回帖:
11楼: Originally posted by 达菲鸭 at 2013-07-24 15:44:23
我又重提了一批RNA，两个菌的，做了Dnase1处理，结果一管P出来，另一管就没有P出来.............

DNase处理有时候是这样的，有些样品能处理干净，有些不行。一般就是样品提的纯度问题。我的经验就是稍微把酶用过量，保证处理干净。因为RNA不如DNA稳定，一般不要处理时间过长，增加RNA降解的可能。
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12楼2013-07-24 23:27:05
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+1, 鼓励回帖应助！ 2013-07-21 23:10:07
可能是样品太多，酶加少了。DNase消化要根据样品的量来做，可以参考酶的说明书。
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2楼2013-07-21 14:23:56
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yilunanxia

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
达菲鸭(myprayer代发): 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你的更多精彩。 2013-07-22 20:10:37
PCR出了目标条带就是说你的RNA里有DNA了，加大DNase吧
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3楼2013-07-21 16:07:37
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达菲鸭

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-07-21 14:23:56
可能是样品太多，酶加少了。DNase消化要根据样品的量来做，可以参考酶的说明书。

啊，fermentas的试剂盒说的是1μg的RNA不要使用超过1个单位的DNA酶，然后我就是按这个量加的。难道应该把酶的量再加大一些吗？
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4楼2013-07-21 18:15:16
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