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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 氨氧化细菌的片段长度
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zx1990

金虫 (小有名气)

[求助] 氨氧化细菌的片段长度

求教诸位大神，安氧化细菌的片段长度是多少？一般PCR的条件和体系分别是怎样的？还有所用的引物，速求，最近在做实验，不知道氨氧化细菌好不好P？
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1楼 2013-07-19 18:17:29
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承卿此诺

木虫 (小有名气)
★ ★
zx1990(gyesang代发): 金币+2, 鼓励回帖应助！ 2013-07-20 12:03:46
length of fragment: 491bp.
PCR: 95C 1min; 40*(95C 30s, 55C 30s, 72C 1min, plate read 85C); 72C 10min.
primer: amoA 1F+amoA 2R
E=90%~105%
You can find details in ISI or Google Scholar with key words "ammonia-oxidizing bacteria".
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zx1990
2楼2013-07-19 22:33:05
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zx1990

金虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by 承卿此诺 at 2013-07-19 22:33:05
length of fragment: 491bp.
PCR: 95C 1min; 40*(95C 30s, 55C 30s, 72C 1min, plate read 85C); 72C 10min.
primer: amoA 1F+amoA 2R
E=90%~105%
You can find details in ISI or Google Scholar with key wor ...

Thank you so much!And if it easy to be amplified in this condition?
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3楼2013-07-20 08:22:28
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承卿此诺

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zx1990 at 2013-07-20 08:22:28
Thank you so much!And if it easy to be amplified in this condition?...

Yes, the amplication efficiecy is 90%~105%.
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4楼2013-07-20 11:44:41
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zx1990

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 承卿此诺 at 2013-07-20 11:44:41
Yes, the amplication efficiecy is 90%~105%....

OK, thanks!
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5楼2013-07-21 07:56:55
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zx1990

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 承卿此诺 at 2013-07-19 22:33:05
length of fragment: 491bp.
PCR: 95C 1min; 40*(95C 30s, 55C 30s, 72C 1min, plate read 85C); 72C 10min.
primer: amoA 1F+amoA 2R
E=90%~105%
You can find details in ISI or Google Scholar with key wor ...

请问你说的491bp是包括前后引物的长度的吗？因为我从克隆结果得到的片段长度是452bp，加上前后引物的长度才是491
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6楼2013-08-05 08:02:50
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承卿此诺

木虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by zx1990 at 2013-08-05 08:02:50
请问你说的491bp是包括前后引物的长度的吗？因为我从克隆结果得到的片段长度是452bp，加上前后引物的长度才是491...

加上引物才是491bp。
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7楼2013-08-10 16:12:21
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zx1990

金虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 承卿此诺 at 2013-08-10 16:12:21
加上引物才是491bp。...

那就是了，谢谢啊
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8楼2013-08-15 17:54:41
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小风车

新虫 (初入文坛)
各位大侠好，我最近做这个amoA的扩增，一直都没有特异性条带，你说的这个条件我也试过，还是没有结果。我采用的是50ul的体系，用的PCR MIX，引物跟你的一样。采用的是从好氧颗粒污泥中提取的DNA为模板，求解答，感激不尽！
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我要达到我的目标！不放弃！
9楼2013-11-27 20:07:45
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zx1990

金虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 小风车 at 2013-11-27 20:07:45
各位大侠好，我最近做这个amoA的扩增，一直都没有特异性条带，你说的这个条件我也试过，还是没有结果。我采用的是50ul的体系，用的PCR MIX，引物跟你的一样。采用的是从好氧颗粒污泥中提取的DNA为模板，求解答，感激 ...

你可以自己配体系，不要用mix试一下看能不能扩增出来。然后就是，用别人的模板确定可以P出来的，用你的体系试一下，看自己的试剂有没有问题
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10楼2013-11-28 08:45:23
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