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zz418841988

新虫 (初入文坛)

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[求助] PCR 间隔的重复序列缺失已有1人参与

基因全长942bp,在克隆载体中测序完全正确，设计引物PCR扩全长换载体时有缺失：
（2处20bp的重复序列间隔41个碱基），送测了多个样品测序，都是同样的缺失，缺失了61个碱基，缺失了一个重复序列和其中间隔的41个碱基。希望有高手指点，谢谢！

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1楼 2013-07-17 10:35:02

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南海所老龚

新虫 (正式写手)

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专业: 基因组学

引用回帖:

6楼: Originally posted by zz418841988 at 2013-07-17 15:18:07
自己再顶一次，之前说的不是太清楚，现在再补上一张图片，
方框中是重复序列，红色部分是缺失了的序列，缺失了一个重复序列和两个重复序列的间隔序列，测了多个样品都是同样的缺失。不知道各位大侠有没有碰到这样的 ...

你好，这一段序列是编码区还是非编码区，如果是前者的话就应该考虑真假基因；如果是非编码区的话就有可能是因为多个重复，而你的引物刚好位于重复区，扩增的时候跳过了一个重复。我是做线粒体的，线粒体控制区种一般有多个重复，但是不会出现你说的这种情况。祝好运！