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major016

木虫 (著名写手)

[求助] 在amber中小分子和金属离子的作用

老板让我做关于这个方面的内容，但是我不太清楚加了金属离子之后，初始文件该怎么改动，是直接把金属离子的部分加入吗，然后直接跑动力学吗，大家有没有做过这方面的内容，或者有没有什么例子可以参考一下，感觉官网上面的离子没有讲这个的，拜托了。
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1楼 2013-07-15 18:08:57
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倩430

铁虫 (小有名气)
初始文件指的是啥呀，你想研究金属离子和小分子的作用？
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2楼2013-07-15 20:19:49
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jennie宁

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 倩430 at 2013-07-15 20:19:49
初始文件指的是啥呀，你想研究金属离子和小分子的作用？

就是一开始要怎么做，我之前做的小分子是通过xleap生成pdb，prmtop和inpcrd文件的，如果要是做其和金属离子的作用，应该如何做初始文件？
想做的是寡肽小分子和金属离子(开始打算做无机盐吧）的作用。
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3楼2013-07-16 14:11:05
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