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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » pull 文献
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memgr

铜虫 (正式写手)

[求助] pull 文献

最近在老师让模拟一下拉伸运动，但是没有给文献，我在网上搜了一下，发现gromacs中pull那部分可以做，想问一下大家有没有这类的文献，能资助一下吗，还有看了gromacs中pull的教程，但是关于里面的pull的原理部分还是不理解，大家能解释一下吗？谢谢
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1楼 2013-07-09 19:20:28
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
memgr: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-07-10 10:05:00
1、论坛里发帖的时候，系统一般会提示你先搜索一下类似的主题，这个你需要仔细
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=5866501
2、搜索文献也是我们读研究生应该具备的技能啊，你在google 学术里搜索  “gromacs  pull  PMF”等关键词就能找到吧
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

memgr
2楼2013-07-09 20:52:04
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memgr

铜虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-07-09 20:52:04
1、论坛里发帖的时候，系统一般会提示你先搜索一下类似的主题，这个你需要仔细
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=5866501
2、搜索文献也是我们读研究生应该具备的技能啊，你在google 学术里搜索  “groma ...

谢谢。那个主题我也看了，其实我主要想问一下gromacs中pull的原理。我认为是pull过程是按照弹簧力的形式来拉的即按照公式F=kx，x是指的弹簧的形变，但是在体系中x具体指的是什么？还有与速率v的关系是怎样的？而且在模拟中输出的文件pullf.xvg中有两列，一列是时间，一列是力，这个力是怎么计算得到的？ 这些关系到pull的原理，所以我想问一下大家有知道的吗？或者有类似的文献或者书籍吗，想请教一下，谢谢
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3楼2013-07-10 10:04:37
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
memgr: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-07-12 10:12:25
引用回帖:
3楼: Originally posted by memgr at 2013-07-10 10:04:37
谢谢。那个主题我也看了，其实我主要想问一下gromacs中pull的原理。我认为是pull过程是按照弹簧力的形式来拉的即按照公式F=kx，x是指的弹簧的形变，但是在体系中x具体指的是什么？还有与速率v的关系是怎样的？而且 ...

细看gromacs手册，如果你想非常详细的知道力是怎么算的，你可以再研究一下源程序吧。
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4楼2013-07-10 10:37:11
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memgr

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-07-10 10:37:11
细看gromacs手册，如果你想非常详细的知道力是怎么算的，你可以再研究一下源程序吧。...

源程序？但是我在gmx的安装包里面搜索，只搜到pull.h这个文件，这个就是gmx中算pull的源程序吗？
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5楼2013-07-11 10:08:27
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