应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » pdb文件转成lammps input文件
51/1返回列表
查看: 2069  |  回复: 2
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

sauller

新虫 (初入文坛)

[交流] pdb文件转成lammps input文件 已有2人参与

怎么将pdb文件，转成lammps用的输入data文件呢？vmd有一个功能，topotool，但是没有dihedral angle，angle这类信息
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子动力学-初级问题资源

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-07-03 01:22:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

kevin_lt77

禁虫
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
本帖内容被屏蔽
3楼2020-03-10 19:15:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 3 个回答

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2013-07-03 08:41:25
那是因为你的pdb文件里本来就没有这些信息啊？
一般bond angle这些拓扑信息保存在psf 文件里的，如果你同时载入psf和pdb文件，再使用VMD 的topotool 就有这些信息了。

详细方法去仔细读读VMD 的手册！
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2013-07-03 08:06:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 3 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 211本科材料化工求调剂 +15 YHLAH 2026-04-11 16/800 2026-04-12 12:44 by BruceLiu320
[找工作] 山东高校教师考核超级无底线，员工过不下去啦 +4 qut2026 2026-04-09 9/450 2026-04-12 00:54 by qut2026
[考研] 一志愿085502，267分求调剂 +11 再忙也要吃饭啊 2026-04-08 12/600 2026-04-11 11:08 by zhq0425
[硕博家园] 新一代电子信息294求调剂 不挑学校 +6 Ytyt11 2026-04-09 7/350 2026-04-11 10:52 by AA小小木虫
[考研] 0854求调剂 +7 assdll 2026-04-05 7/350 2026-04-11 10:34 by Delta2012
[考研] 298求调剂 +9 钉叮咚冬瓜 2026-04-07 11/550 2026-04-11 09:35 by zhq0425
[考研] 复试调剂 +9 积极向上； 2026-04-10 11/550 2026-04-11 09:25 by 猪会飞
[考研] 085506-求调剂-285分 +3 雷欧飞踢 2026-04-08 3/150 2026-04-11 08:37 by zhq0425
[考研] 生物学308分求调剂（一志愿华东师大）做过分子实验 +8 相信必会光芒万� 2026-04-07 9/450 2026-04-10 21:03 by zhouxiaoyu
[考研] 284求调剂 +9 让我上岸吧阿西 2026-04-09 11/550 2026-04-10 19:18 by 靖jing
[考研] 考研二轮调剂 +8 故人?? 2026-04-09 8/400 2026-04-10 09:44 by 青梅duoduo
[考研] 一志愿2110，化学学硕310分，本科重点双非求调剂 +18 努力奋斗112 2026-04-08 18/900 2026-04-09 23:28 by wolf97
[考研] 已调剂 +18 柴郡猫_ 2026-04-09 19/950 2026-04-09 22:10 by 柴郡猫_
[考研] 生物学调剂，一志愿西南大学348，Top期刊一区二作、二区三作，三等奖学金三次 +4 candyyyi 2026-04-09 4/200 2026-04-09 18:39 by l_paradox
[考研] 一志愿厦大生物学332求调剂 +10 池池池池池池 2026-04-08 10/500 2026-04-09 17:10 by 独醉梦孤城
[考研] 274求调剂 +5 山阿蔓 2026-04-07 5/250 2026-04-09 15:28 by 18828373951
[考研] 285求调剂 +12 AZMK 2026-04-05 18/900 2026-04-08 20:43 by 逆水乘风
[考研] 336求调剂，一志愿中科大 +9 墨彧 yuyu 2026-04-06 9/450 2026-04-08 11:24 by 想读书的菌菌
[考研] 263分B区求调剂 +6 李nihao 2026-04-08 6/300 2026-04-08 09:38 by 南开小綦
[考研] 材料调剂 +17 小刘同学吖吖 2026-04-06 18/900 2026-04-07 11:41 by 诗与自由
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭