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sauller

新虫 (初入文坛)

[交流] pdb文件转成lammps input文件 已有2人参与

怎么将pdb文件，转成lammps用的输入data文件呢？vmd有一个功能，topotool，但是没有dihedral angle，angle这类信息
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1楼 2013-07-03 01:22:57
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2013-07-03 08:41:25
那是因为你的pdb文件里本来就没有这些信息啊？
一般bond angle这些拓扑信息保存在psf 文件里的，如果你同时载入psf和pdb文件，再使用VMD 的topotool 就有这些信息了。

详细方法去仔细读读VMD 的手册！
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2楼2013-07-03 08:06:47
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kevin_lt77

禁虫
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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3楼2020-03-10 19:15:34
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