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hkxya7

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[求助] 有关DGGE测序的一些疑问

各位虫友好，我在DGGE割胶回收测序上遇到一个问题，就是我拿到测序结果以后，将测序结果与NCBI数据库对比，发现其中与很多菌种的匹配度达到100%。DGGE扩增的区域是V3区域，这一区域的片段的大小是200bp左右，我想这么小的片段是不是很难反映出它的遗传信息，所以我想问一下有做过DGGE割胶回收的虫友们怎么看待这个问题，是不是我中间有什么地方理解错误了。

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1楼 2013-07-02 08:26:10

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wubingqi

铁杆木虫 (小有名气)

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【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1

没有问题，200bp包含的遗产信息确实有限，而且现在提交GENBANK，200bp的也不让提交了。你可以用V3-V5区做DGGE，然后切胶回收测序，片段大笑在500-600bp之间。另外，即便是这样，你比对出的大部分结果也是不可培养细菌。

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2楼2013-07-02 08:55:10

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